| 3. Spieltag | 11.08.2024 | TSV Havelse | - | FC St. Pauli II | 3:1 | ||||
| 4. Spieltag | 18.08.2024 | FC St. Pauli II | - | Eintracht Norderstedt | 1:1 | ||||
| 7. Spieltag | 30.08.2024 | Kickers Emden | - | FC St. Pauli II | 0:1 | ||||
| 9. Spieltag | 14.09.2024 | VfB Oldenburg | - | FC St. Pauli II | 4:0 | ||||
| 10. Spieltag | 22.09.2024 | FC St. Pauli II | - | Werder Bremen II | 1:5 | ||||
| 11. Spieltag | 28.09.2024 | SV Todesfelde | - | FC St. Pauli II | 2:4 | ||||
| 13. Spieltag | 06.10.2024 | FC St. Pauli II | - | Hamburger SV II | 1:4 | ||||
| 15. Spieltag | 20.10.2024 | FC St. Pauli II | - | Weiche Flensburg 08 | 2:2 | ||||
| 17. Spieltag | 03.11.2024 | FC St. Pauli II | - | Bremer SV | 1:1 |  |
|||
| 18. Spieltag | 10.11.2024 | FC St. Pauli II | - | SSV Jeddeloh II | 2:2 | ||||
| 26. Spieltag | 14.03.2025 | FC St. Pauli II | - | VfB Oldenburg | 2:2 | ||||
| 28. Spieltag | 30.03.2025 | FC St. Pauli II | - | SV Todesfelde | 4:0 | ||||
| 23. Spieltag | 21.04.2025 | 1. FC Phönix Lübeck | - | FC St. Pauli II | 2:0 |
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