1. Spieltag 13.08.2006 FC St. Pauli II - Eintracht Braunschweig II 0:0
2. Spieltag 20.08.2006 SV Meppen - FC St. Pauli II 2:0
3. Spieltag 27.08.2006 FC St. Pauli II - FC Oberneuland 2:1
4. Spieltag 03.09.2006 SV Ramlingen/Ehlershausen - FC St. Pauli II 2:0
5. Spieltag 10.09.2006 FC St. Pauli II - Arminia Hannover 0:0
7. Spieltag 24.09.2006 FC St. Pauli II - VSK Osterholz-Scharmbeck 3:0
8. Spieltag 01.10.2006 SV Henstedt-Rhen - FC St. Pauli II 2:2
9. Spieltag 14.10.2006 VfR Neumünster - FC St. Pauli II 0:1
14. Spieltag 19.11.2006 FC St. Pauli II - VfL 93 Hamburg 2:1
15. Spieltag 26.11.2006 Hannover 96 II - FC St. Pauli II 3:1
16. Spieltag 03.12.2006 FC St. Pauli II - BV Cloppenburg 0:2
17. Spieltag 10.12.2006 Altona 93 - FC St. Pauli II 4:0
18. Spieltag 15.12.2006 Eintracht Braunschweig II - FC St. Pauli II 0:1
20. Spieltag 18.02.2007 FC St. Pauli II - SV Ramlingen/Ehlershausen 1:1
21. Spieltag 25.02.2007 Arminia Hannover - FC St. Pauli II 1:0
22. Spieltag 04.03.2007 FC St. Pauli II - VfL Wolfsburg II 0:0
23. Spieltag 11.03.2007 VSK Osterholz-Scharmbeck - FC St. Pauli II 0:3
24. Spieltag 18.03.2007 FC St. Pauli II - SV Henstedt-Rhen 3:0
25. Spieltag 25.03.2007 FC St. Pauli II - VfR Neumünster 0:1
26. Spieltag 01.04.2007 Holstein Kiel II - FC St. Pauli II 3:2
19. Spieltag 06.04.2007 FC Oberneuland - FC St. Pauli II 1:1
27. Spieltag 09.04.2007 FC St. Pauli II - SV Meppen 3:0
28. Spieltag 15.04.2007 FC St. Pauli II - Eintracht Nordhorn 2:1 rote Karte
30. Spieltag 29.04.2007 FC St. Pauli II - ASV Bergedorf 4:1
31. Spieltag 06.05.2007 VfL 93 Hamburg - FC St. Pauli II 1:3
32. Spieltag 13.05.2007 FC St. Pauli II - Hannover 96 II 1:0
34. Spieltag 23.05.2007 FC St. Pauli II - Altona 93 0:2