| 5. Spieltag | 28.08.2016 | ETSV Weiche Flensburg | - | VfB Oldenburg | 3:1 | ||||
| 6. Spieltag | 04.09.2016 | Hamburger SV II | - | ETSV Weiche Flensburg | 1:2 | ||||
| 7. Spieltag | 11.09.2016 | ETSV Weiche Flensburg | - | SV Eichede | 5:0 | ||||
| 8. Spieltag | 16.09.2016 | Hannover 96 II | - | ETSV Weiche Flensburg | 1:1 | ||||
| 19. Spieltag | 04.12.2016 | ETSV Weiche Flensburg | - | SV Meppen | 3:1 | ||||
| 25. Spieltag | 12.03.2017 | ETSV Weiche Flensburg | - | Hannover 96 II | 1:0 |  |
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| 26. Spieltag | 19.03.2017 | U.S.I. Lupo-Martini | - | ETSV Weiche Flensburg | 1:2 | |
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| 27. Spieltag | 26.03.2017 | ETSV Weiche Flensburg | - | Eintracht Braunschweig II | 2:2 | ||||
| 29. Spieltag | 08.04.2017 | Schwarz-Weiß Rehden | - | ETSV Weiche Flensburg | 0:2 | ||||
| 21. Spieltag | 13.04.2017 | ETSV Weiche Flensburg | - | Eintracht Norderstedt | 1:1 | |
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| 30. Spieltag | 23.04.2017 | ETSV Weiche Flensburg | - | VfV Hildesheim | 4:2 | ||||
| 31. Spieltag | 30.04.2017 | Germania Egestorf/Langreder | - | ETSV Weiche Flensburg | 3:1 | ||||
| 32. Spieltag | 05.05.2017 | ETSV Weiche Flensburg | - | FC St. Pauli II | 1:0 | |
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| 33. Spieltag | 13.05.2017 | VfB Lübeck | - | ETSV Weiche Flensburg | 2:0 | |
Deutschland