| 1. Spieltag | 28.07.2019 | VfB Oldenburg | - | FC St. Pauli II | 1:0 | ||||
| 3. Spieltag | 04.08.2019 | Werder Bremen II | - | FC St. Pauli II | 2:2 | ||||
| 4. Spieltag | 11.08.2019 | FC St. Pauli II | - | Eintracht Norderstedt | 4:2 | ||||
| 5. Spieltag | 17.08.2019 | VfB Lübeck | - | FC St. Pauli II | 3:2 | ||||
| 6. Spieltag | 24.08.2019 | FC St. Pauli II | - | Hannover 96 II | 1:2 | ||||
| 9. Spieltag | 08.09.2019 | Altona 93 | - | FC St. Pauli II | 2:1 | ||||
| 10. Spieltag | 15.09.2019 | FC St. Pauli II | - | Lüneburger SK Hansa | 0:1 | ||||
| 14. Spieltag | 12.10.2019 | VfL Wolfsburg II | - | FC St. Pauli II | 5:1 |  |
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| 15. Spieltag | 20.10.2019 | FC St. Pauli II | - | HSC Hannover | 6:0 | ||||
| 16. Spieltag | 26.10.2019 | Weiche Flensburg 08 | - | FC St. Pauli II | 4:1 | ||||
| 2. Spieltag | 29.10.2019 | FC St. Pauli II | - | Hamburger SV II | 1:1 | ||||
| 21. Spieltag | 01.12.2019 | Eintracht Norderstedt | - | FC St. Pauli II | 0:0 |
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