| 3. Spieltag | 25.08.2012 | Bayern München [B-Junioren] | - | SC Freiburg [B-Junioren] | 0:3 | ||||
| 8. Spieltag | 21.10.2012 | SC Freiburg [B-Junioren] | - | Jahn Regensburg [B-Junioren] | 0:1 | ||||
| 11. Spieltag | 11.11.2012 | 1. FC Kaiserslautern [B-Junioren] | - | SC Freiburg [B-Junioren] | 2:3 |  |
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| 4. Spieltag | 18.11.2012 | SC Freiburg [B-Junioren] | - | 1. FC Nürnberg [B-Junioren] | 0:0 | ||||
| 12. Spieltag | 24.11.2012 | SC Freiburg [B-Junioren] | - | FC Augsburg [B-Junioren] | 4:1 | ||||
| 13. Spieltag | 02.12.2012 | 1. FSV Mainz 05 [B-Junioren] | - | SC Freiburg [B-Junioren] | 0:1 | ||||
| 14. Spieltag | 09.12.2012 | SC Freiburg [B-Junioren] | - | Waldhof Mannheim [B-Junioren] | 4:0 | ||||
| 21. Spieltag | 07.04.2013 | Jahn Regensburg [B-Junioren] | - | SC Freiburg [B-Junioren] | 0:4 | ||||
| 15. Spieltag | 13.04.2013 | 1899 Hoffenheim [B-Junioren] | - | SC Freiburg [B-Junioren] | 2:1 | ||||
| 25. Spieltag | 26.05.2013 | FC Augsburg [B-Junioren] | - | SC Freiburg [B-Junioren] | 0:2 | ||||
| 26. Spieltag | 02.06.2013 | SC Freiburg [B-Junioren] | - | 1. FSV Mainz 05 [B-Junioren] | 3:1 |
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