| 21. Spieltag | 20.02.2016 | FC Augsburg II | - | FC Ingolstadt 04 II | 4:1 |  |
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| 23. Spieltag | 05.03.2016 | FV Illertissen | - | FC Ingolstadt 04 II | 2:2 | ||||
| 26. Spieltag | 24.03.2016 | FC Ingolstadt 04 II | - | TSV Buchbach | 2:0 | |
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| 30. Spieltag | 22.04.2016 | FC Ingolstadt 04 II | - | Bayern München II | 0:4 | ||||
| 31. Spieltag | 29.04.2016 | FC Memmingen | - | FC Ingolstadt 04 II | 4:2 | |
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| 32. Spieltag | 06.05.2016 | FC Ingolstadt 04 II | - | SpVgg Greuther Fürth II | 3:3 | ||||
| 34. Spieltag | 21.05.2016 | FC Ingolstadt 04 II | - | Viktoria Aschaffenburg | 5:3 |  |
Deutschland