| 7. Spieltag | 29.08.2018 | VfB Lübeck | - | FC St. Pauli II | 3:0 | ||||
| 25. Spieltag | 10.03.2019 | Hannover 96 II | - | FC St. Pauli II | 1:0 | ||||
| 27. Spieltag | 22.03.2019 | Schwarz-Weiß Rehden | - | FC St. Pauli II | 0:0 | ||||
| 29. Spieltag | 07.04.2019 | VfL Oldenburg | - | FC St. Pauli II | 1:4 |  |
|||
| 30. Spieltag | 14.04.2019 | FC St. Pauli II | - | Holstein Kiel II | 1:0 | ||||
| 32. Spieltag | 05.05.2019 | FC St. Pauli II | - | Eintracht Norderstedt | 2:3 | ||||
| 33. Spieltag | 12.05.2019 | Hamburger SV II | - | FC St. Pauli II | 2:1 | ||||
| 34. Spieltag | 19.05.2019 | FC St. Pauli II | - | TSV Havelse | 2:3 |
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