1. Spieltag 06.08.2006 GFC Düren - 1. FC Köln II 2:3 TorTor
2. Spieltag 09.08.2006 1. FC Köln II - Bonner SC 3:0 Tor
3. Spieltag 13.08.2006 Schwarz-Weiß Essen - 1. FC Köln II 1:2
4. Spieltag 19.08.2006 1. FC Köln II - Union Solingen 1:3
5. Spieltag 27.08.2006 SSG 09 Bergisch Gladbach - 1. FC Köln II 1:1
6. Spieltag 01.09.2006 1. FC Köln II - Alemannia Aachen II 1:3
7. Spieltag 08.09.2006 VfB Homberg - 1. FC Köln II 3:1
9. Spieltag 24.09.2006 Rot-Weiß Oberhausen - 1. FC Köln II 1:0
11. Spieltag 15.10.2006 Wuppertaler SV II - 1. FC Köln II 2:1
12. Spieltag 22.10.2006 1. FC Köln II - MSV Duisburg II 3:2
13. Spieltag 29.10.2006 VFB Speldorf - 1. FC Köln II 0:1
14. Spieltag 05.11.2006 1. FC Köln II - TuRU Düsseldorf 0:1
16. Spieltag 19.11.2006 SV 19 Straelen - 1. FC Köln II 6:4
17. Spieltag 03.12.2006 1. FC Köln II - KFC Uerdingen 05 5:0
18. Spieltag 08.12.2006 1. FC Köln II - GFC Düren 2:2
19. Spieltag 17.12.2006 Bonner SC - 1. FC Köln II 2:0
21. Spieltag 25.02.2007 Union Solingen - 1. FC Köln II 0:3
22. Spieltag 04.03.2007 1. FC Köln II - SSG 09 Bergisch Gladbach 0:0
23. Spieltag 11.03.2007 Alemannia Aachen II - 1. FC Köln II 1:0
24. Spieltag 18.03.2007 1. FC Köln II - VfB Homberg 4:1
25. Spieltag 25.03.2007 SSVg Velbert - 1. FC Köln II 2:1
26. Spieltag 31.03.2007 1. FC Köln II - Rot-Weiß Oberhausen 1:0
20. Spieltag 09.04.2007 1. FC Köln II - Schwarz-Weiß Essen 1:1
27. Spieltag 13.04.2007 1. FC Kleve - 1. FC Köln II 2:1
28. Spieltag 22.04.2007 1. FC Köln II - Wuppertaler SV II 3:1
29. Spieltag 29.04.2007 MSV Duisburg II - 1. FC Köln II 4:2
30. Spieltag 06.05.2007 1. FC Köln II - VFB Speldorf 3:2
31. Spieltag 13.05.2007 TuRU Düsseldorf - 1. FC Köln II 1:1 Tor
32. Spieltag 20.05.2007 1. FC Bocholt - 1. FC Köln II 0:6 TorTorTor
33. Spieltag 28.05.2007 1. FC Köln II - SV 19 Straelen 2:1