| 1. Spieltag | 12.08.2012 | RB Leipzig | - | 1. FC Union Berlin II | 1:1 | ||||
| 2. Spieltag | 26.08.2012 | 1. FC Union Berlin II | - | Energie Cottbus II | 2:2 | ||||
| 3. Spieltag | 02.09.2012 | FSV Zwickau | - | 1. FC Union Berlin II | 4:0 | ||||
| 4. Spieltag | 14.09.2012 | 1. FC Union Berlin II | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:1 | ||||
| 17. Spieltag | 24.03.2013 | Energie Cottbus II | - | 1. FC Union Berlin II | 4:1 |  |
|||
| 22. Spieltag | 30.03.2013 | TSG Neustrelitz | - | 1. FC Union Berlin II | 0:0 | ||||
| 16. Spieltag | 03.04.2013 | 1. FC Union Berlin II | - | RB Leipzig | 1:2 | ||||
| 26. Spieltag | 27.04.2013 | VfB Auerbach | - | 1. FC Union Berlin II | 2:1 | |
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| 18. Spieltag | 08.05.2013 | 1. FC Union Berlin II | - | FSV Zwickau | 1:3 | ||||
| 28. Spieltag | 11.05.2013 | VFC Plauen | - | 1. FC Union Berlin II | 2:2 | ||||
| 19. Spieltag | 15.05.2013 | FC Carl Zeiss Jena | - | 1. FC Union Berlin II | 1:0 | ||||
| 29. Spieltag | 19.05.2013 | 1. FC Union Berlin II | - | Hertha BSC II | 0:1 | ||||
| 30. Spieltag | 25.05.2013 | Torgelower SV Greif | - | 1. FC Union Berlin II | 0:3 |
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