| 12. Spieltag | 19.10.2024 | SC Paderborn 07 II | - | Fortuna Düsseldorf II | 1:1 | ||||
| 13. Spieltag | 26.10.2024 | Fortuna Köln | - | SC Paderborn 07 II | 1:3 | ||||
| 14. Spieltag | 04.11.2024 | SC Paderborn 07 II | - | SC Wiedenbrück | 1:2 | ||||
| 15. Spieltag | 08.11.2024 | FC Schalke 04 II | - | SC Paderborn 07 II | 0:4 | ||||
| 16. Spieltag | 24.11.2024 | SC Paderborn 07 II | - | SV Rödinghausen | 2:0 | ||||
| 17. Spieltag | 30.11.2024 | 1. FC Bocholt | - | SC Paderborn 07 II | 1:2 | ||||
| 18. Spieltag | 07.12.2024 | 1. FC Düren | - | SC Paderborn 07 II | 2:1 | ||||
| 19. Spieltag | 25.01.2025 | SC Paderborn 07 II | - | 1. FC Köln II | 2:2 | ||||
| 20. Spieltag | 03.02.2025 | SC Paderborn 07 II | - | Bor. Mönchengladbach II | 0:1 | ||||
| 24. Spieltag | 02.03.2025 | FC Gütersloh | - | SC Paderborn 07 II | 3:2 |  |
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| 25. Spieltag | 09.03.2025 | SC Paderborn 07 II | - | Türkspor Dortmund | annull. | ||||
| 26. Spieltag | 15.03.2025 | Rot-Weiß Oberhausen | - | SC Paderborn 07 II | 2:0 | ||||
| 27. Spieltag | 22.03.2025 | SC Paderborn 07 II | - | Eintracht Hohkeppel | 3:0 | ||||
| 28. Spieltag | 04.04.2025 | SC Paderborn 07 II | - | KFC Uerdingen 05 | annull. | ||||
| 30. Spieltag | 19.04.2025 | SC Paderborn 07 II | - | Fortuna Köln | 0:0 |
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