| 20. Spieltag | 03.02.2025 | SC Paderborn 07 II | - | Bor. Mönchengladbach II | 0:1 | ||||
| 23. Spieltag | 22.02.2025 | SC Paderborn 07 II | - | Sportfreunde Lotte | 1:3 | ||||
| 24. Spieltag | 02.03.2025 | FC Gütersloh | - | SC Paderborn 07 II | 3:2 | ||||
| 27. Spieltag | 22.03.2025 | SC Paderborn 07 II | - | Eintracht Hohkeppel | 3:0 | ||||
| 28. Spieltag | 04.04.2025 | SC Paderborn 07 II | - | KFC Uerdingen 05 | annull. | ||||
| 29. Spieltag | 13.04.2025 | Fortuna Düsseldorf II | - | SC Paderborn 07 II | 3:1 | ||||
| 30. Spieltag | 19.04.2025 | SC Paderborn 07 II | - | Fortuna Köln | 0:0 | ||||
| 32. Spieltag | 02.05.2025 | SC Paderborn 07 II | - | FC Schalke 04 II | 2:0 |
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