| 5. Spieltag | 27.08.2016 | SV Wehen Wiesbaden | - | SC Paderborn 07 | 1:2 | ||||
| 14. Spieltag | 05.11.2016 | SC Paderborn 07 | - | VfR Aalen | 0:0 | ||||
| 15. Spieltag | 19.11.2016 | Sportfreunde Lotte | - | SC Paderborn 07 | 6:0 | ||||
| 16. Spieltag | 26.11.2016 | SC Paderborn 07 | - | Fortuna Köln | 1:1 |  |
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| 17. Spieltag | 03.12.2016 | FSV Zwickau | - | SC Paderborn 07 | 3:0 | |
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| 26. Spieltag | 11.03.2017 | SC Paderborn 07 | - | Rot-Weiß Erfurt | 0:1 | ||||
| 31. Spieltag | 05.04.2017 | Hallescher FC | - | SC Paderborn 07 | 1:1 | |
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| 32. Spieltag | 08.04.2017 | SC Paderborn 07 | - | FSV Frankfurt | 3:0 | ||||
| 33. Spieltag | 15.04.2017 | VfR Aalen | - | SC Paderborn 07 | 4:0 |
Deutschland