| 13. Spieltag | 28.10.2006 | 1. FC Union Berlin | - | Rot-Weiß Erfurt | 2:4 | ||||
| 15. Spieltag | 08.11.2006 | 1. FC Union Berlin | - | 1. FC Magdeburg | 1:2 | ||||
| 16. Spieltag | 11.11.2006 | Wuppertaler SV | - | 1. FC Union Berlin | 2:1 |  |
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| 17. Spieltag | 18.11.2006 | 1. FC Union Berlin | - | Borussia Dortmund II | 2:0 | ||||
| 18. Spieltag | 25.11.2006 | VfB Lübeck | - | 1. FC Union Berlin | 0:1 | ||||
| 19. Spieltag | 01.12.2006 | 1. FC Union Berlin | - | Werder Bremen II | 0:2 | ||||
| 23. Spieltag | 23.02.2007 | 1. FC Union Berlin | - | Bayer Leverkusen II | 4:0 | ||||
| 32. Spieltag | 21.04.2007 | Rot-Weiß Erfurt | - | 1. FC Union Berlin | 1:0 | |
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| 38. Spieltag | 02.06.2007 | Werder Bremen II | - | 1. FC Union Berlin | 3:2 |
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