| 1. Spieltag | 14.08.2016 | 1. FC Köln [B-Junioren] | - | FC Hennef 05 [B-Junioren] | 4:0 | ||||
| 2. Spieltag | 20.08.2016 | Rot-Weiss Essen [B-Junioren] | - | 1. FC Köln [B-Junioren] | 1:0 | ||||
| 3. Spieltag | 28.08.2016 | 1. FC Mönchengladbach [B-Junioren] | - | 1. FC Köln [B-Junioren] | 0:4 | ||||
| 4. Spieltag | 03.09.2016 | Bor. Mönchengladbach [B-Junioren] | - | 1. FC Köln [B-Junioren] | 0:2 | ||||
| 5. Spieltag | 18.09.2016 | 1. FC Köln [B-Junioren] | - | Borussia Dortmund [B-Junioren] | 3:0 | ||||
| 6. Spieltag | 24.09.2016 | Bayer Leverkusen [B-Junioren] | - | 1. FC Köln [B-Junioren] | 1:1 | ||||
| 7. Spieltag | 09.10.2016 | 1. FC Köln [B-Junioren] | - | Arminia Bielefeld [B-Junioren] | 7:1 | ||||
| 8. Spieltag | 15.10.2016 | MSV Duisburg [B-Junioren] | - | 1. FC Köln [B-Junioren] | 0:0 | ||||
| 9. Spieltag | 23.10.2016 | 1. FC Köln [B-Junioren] | - | FC Schalke 04 [B-Junioren] | 2:2 | ||||
| 21. Spieltag | 18.03.2017 | 1. FC Köln [B-Junioren] | - | MSV Duisburg [B-Junioren] | 0:4 |
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