| 4. Spieltag | 02.09.2012 | Jahn Regensburg | - | VfL Bochum | 0:1 | ||||
| 6. Spieltag | 22.09.2012 | Jahn Regensburg | - | Energie Cottbus | 0:1 | ||||
| 7. Spieltag | 25.09.2012 | SV Sandhausen | - | Jahn Regensburg | 1:2 | ||||
| 8. Spieltag | 28.09.2012 | Jahn Regensburg | - | FC St. Pauli | 3:0 | ||||
| 9. Spieltag | 07.10.2012 | Erzgebirge Aue | - | Jahn Regensburg | 3:1 | ||||
| 10. Spieltag | 20.10.2012 | Jahn Regensburg | - | 1. FC Köln | 2:3 | ||||
| 11. Spieltag | 28.10.2012 | FSV Frankfurt | - | Jahn Regensburg | 3:1 | ||||
| 12. Spieltag | 02.11.2012 | Jahn Regensburg | - | SC Paderborn 07 | 0:2 | ||||
| 20. Spieltag | 03.02.2013 | Jahn Regensburg | - | Hertha BSC | 1:5 | ||||
| 21. Spieltag | 10.02.2013 | VfL Bochum | - | Jahn Regensburg | 0:2 |  |
|||
| 22. Spieltag | 15.02.2013 | Jahn Regensburg | - | Eintracht Braunschweig | 0:1 | ||||
| 24. Spieltag | 01.03.2013 | Jahn Regensburg | - | SV Sandhausen | 1:3 | ||||
| 25. Spieltag | 08.03.2013 | FC St. Pauli | - | Jahn Regensburg | 3:2 | ||||
| 26. Spieltag | 17.03.2013 | Jahn Regensburg | - | Erzgebirge Aue | 1:1 | ||||
| 27. Spieltag | 31.03.2013 | 1. FC Köln | - | Jahn Regensburg | 2:1 | |
|||
| 28. Spieltag | 06.04.2013 | Jahn Regensburg | - | FSV Frankfurt | 1:4 |
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