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| 05.10.2012 | 18:00 | Hertha BSC | - | TSV 1860 München | 3:0 (0:0) | |
| 18:00 | FC St. Pauli | - | 1. FC Union Berlin | 2:2 (0:1) | ||
| 18:00 | FSV Frankfurt | - | SC Paderborn 07 | 1:1 (0:0) | ||
| 06.10.2012 | 13:00 | Eintracht Braunschweig | - | VfL Bochum | 3:0 (1:0) | |
| 13:00 | Energie Cottbus | - | MSV Duisburg | 0:1 (0:1) | ||
| 07.10.2012 | 13:30 | FC Ingolstadt 04 | - | 1. FC Kaiserslautern | 1:1 (0:0) | |
| 13:30 | Erzgebirge Aue | - | Jahn Regensburg | 3:1 (1:0) | ||
| 13:30 | SV Sandhausen | - | VfR Aalen | 1:0 (1:0) | ||
| 08.10.2012 | 20:15 | 1. FC Köln | - | Dynamo Dresden | 1:1 (0:1) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
Eintracht Braunschweig | 9 | 7 | 2 | 0 | 16:3 | 13 | 23 |
| 2 |
|
Hertha BSC | 9 | 5 | 3 | 1 | 16:10 | 6 | 18 |
| 3 |
|
1. FC Kaiserslautern | 9 | 4 | 5 | 0 | 15:10 | 5 | 17 |
| 4 |
|
Energie Cottbus | 9 | 5 | 2 | 2 | 14:9 | 5 | 17 |
| 5 |
|
TSV 1860 München | 9 | 4 | 4 | 1 | 13:6 | 7 | 16 |
| 6 |
|
VfR Aalen | 9 | 5 | 0 | 4 | 12:9 | 3 | 15 |
| 7 |
|
FSV Frankfurt | 9 | 4 | 3 | 2 | 13:11 | 2 | 15 |
| 8 |
|
FC Ingolstadt 04 | 9 | 3 | 4 | 2 | 11:11 | 0 | 13 |
| 9 |
|
SC Paderborn 07 | 9 | 3 | 2 | 4 | 15:12 | 3 | 11 |
| 10 |
|
Dynamo Dresden | 9 | 2 | 3 | 4 | 12:13 | -1 | 9 |
| 11 |
|
Jahn Regensburg | 9 | 3 | 0 | 6 | 9:10 | -1 | 9 |
| 12 |
|
1. FC Union Berlin | 9 | 2 | 3 | 4 | 13:15 | -2 | 9 |
| 13 |
|
1. FC Köln | 9 | 2 | 3 | 4 | 7:10 | -3 | 9 |
| 14 |
|
SV Sandhausen | 9 | 2 | 3 | 4 | 8:14 | -6 | 9 |
| 15 |
|
VfL Bochum | 9 | 2 | 3 | 4 | 5:12 | -7 | 9 |
| 16 |
|
Erzgebirge Aue | 9 | 2 | 2 | 5 | 7:12 | -5 | 8 |
| 17 |
|
FC St. Pauli | 9 | 1 | 4 | 4 | 6:12 | -6 | 7 |
| 18 |
|
MSV Duisburg | 9 | 1 | 2 | 6 | 6:19 | -13 | 5 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
|
# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga. |
