3. Spieltag 18.08.2013 Wacker Nordhausen - FC Carl Zeiss Jena 2:2
6. Spieltag 14.09.2013 FC Carl Zeiss Jena - Hertha BSC II 2:0
7. Spieltag 22.09.2013 SV Babelsberg 03 - FC Carl Zeiss Jena 0:1
8. Spieltag 29.09.2013 FC Carl Zeiss Jena - 1. FC Lok Leipzig 2:1 Tor
9. Spieltag 06.10.2013 VfB Auerbach - FC Carl Zeiss Jena 0:4
10. Spieltag 13.10.2013 FC Carl Zeiss Jena - FSV Zwickau 1:1 gelbe Karte
11. Spieltag 26.10.2013 Berliner AK 07 - FC Carl Zeiss Jena 1:2
12. Spieltag 03.11.2013 FC Carl Zeiss Jena - Germania Halberstadt 2:0 gelbe Karte
13. Spieltag 10.11.2013 1. FC Union Berlin II - FC Carl Zeiss Jena 3:3
14. Spieltag 23.11.2013 ZFC Meuselwitz - FC Carl Zeiss Jena 0:2
15. Spieltag 30.11.2013 FC Carl Zeiss Jena - Optik Rathenow 2:2
16. Spieltag 08.12.2013 FC Carl Zeiss Jena - TSG Neustrelitz 3:1
17. Spieltag 22.02.2014 VFC Plauen - FC Carl Zeiss Jena 1:1
19. Spieltag 09.03.2014 FC Viktoria 1889 Berlin - FC Carl Zeiss Jena 1:2
20. Spieltag 16.03.2014 FC Carl Zeiss Jena - 1. FC Magdeburg 1:4
21. Spieltag 22.03.2014 Hertha BSC II - FC Carl Zeiss Jena 2:1 Tor
22. Spieltag 30.03.2014 FC Carl Zeiss Jena - SV Babelsberg 03 2:0 gelbe Karte
23. Spieltag 06.04.2014 1. FC Lok Leipzig - FC Carl Zeiss Jena 0:4
24. Spieltag 12.04.2014 FC Carl Zeiss Jena - VfB Auerbach 0:1
25. Spieltag 20.04.2014 FSV Zwickau - FC Carl Zeiss Jena 2:1
26. Spieltag 27.04.2014 FC Carl Zeiss Jena - Berliner AK 07 3:0
27. Spieltag 04.05.2014 Germania Halberstadt - FC Carl Zeiss Jena 1:2
28. Spieltag 10.05.2014 FC Carl Zeiss Jena - 1. FC Union Berlin II 1:3 gelbe Karte