1. Spieltag 14.08.1999 Bayern München - Hamburger SV 2:2 Tor
2. Spieltag 22.08.1999 Bayer Leverkusen - Bayern München 2:0
3. Spieltag 28.08.1999 Bayern München - SpVgg Unterhaching 1:0
7. Spieltag 02.10.1999 FC Schalke 04 - Bayern München 1:1
8. Spieltag 16.10.1999 Bayern München - Hertha BSC 3:1
9. Spieltag 23.10.1999 1. FC Kaiserslautern - Bayern München 0:2
10. Spieltag 30.10.1999 Bayern München - VfL Wolfsburg 5:0
12. Spieltag 20.11.1999 Bayern München - SC Freiburg 6:1 gelb-rote Karte
14. Spieltag 04.12.1999 Bayern München - Borussia Dortmund 1:1 gelbe Karte
15. Spieltag 11.12.1999 Hansa Rostock - Bayern München 0:3 gelbe Karte
16. Spieltag 14.12.1999 Bayern München - Arminia Bielefeld 2:1
17. Spieltag 17.12.1999 Werder Bremen - Bayern München 0:2
18. Spieltag 06.02.2000 Hamburger SV - Bayern München 0:0
19. Spieltag 09.02.2000 Bayern München - Bayer Leverkusen 4:1
20. Spieltag 12.02.2000 SpVgg Unterhaching - Bayern München 0:2
22. Spieltag 26.02.2000 Bayern München - Eintracht Frankfurt 4:1
25. Spieltag 18.03.2000 Hertha BSC - Bayern München 1:1 gelbe Karte
26. Spieltag 25.03.2000 Bayern München - 1. FC Kaiserslautern 2:2
27. Spieltag 01.04.2000 VfL Wolfsburg - Bayern München 1:1
28. Spieltag 08.04.2000 Bayern München - SSV Ulm 1846 4:0
29. Spieltag 12.04.2000 SC Freiburg - Bayern München 1:2
30. Spieltag 15.04.2000 Bayern München - TSV 1860 München 1:2
31. Spieltag 23.04.2000 Borussia Dortmund - Bayern München 0:1
32. Spieltag 29.04.2000 Bayern München - Hansa Rostock 4:1
33. Spieltag 13.05.2000 Arminia Bielefeld - Bayern München 0:3
34. Spieltag 20.05.2000 Bayern München - Werder Bremen 3:1