1. Spieltag 04.08.2013 VfL Wolfsburg II - FC St. Pauli II 4:0
2. Spieltag 10.08.2013 FC St. Pauli II - SV Wilhelmshaven 1:0
3. Spieltag 18.08.2013 Hannover 96 II - FC St. Pauli II 3:4
4. Spieltag 28.08.2013 FC St. Pauli II - Hamburger SV II 0:2 gelbe Karte
5. Spieltag 01.09.2013 VfR Neumünster - FC St. Pauli II 0:4 gelbe Karte
6. Spieltag 07.09.2013 Goslarer SC - FC St. Pauli II 3:2 gelbe Karte
7. Spieltag 18.09.2013 Eintracht Norderstedt - FC St. Pauli II 2:2
9. Spieltag 28.09.2013 FC St. Pauli II - SV Meppen 0:3
10. Spieltag 06.10.2013 SV Eichede - FC St. Pauli II 3:1
11. Spieltag 12.10.2013 FC St. Pauli II - Eintracht Braunschweig II 3:0
12. Spieltag 20.10.2013 VfB Oldenburg - FC St. Pauli II 3:0
15. Spieltag 09.11.2013 FC St. Pauli II - Werder Bremen II 1:2
16. Spieltag 17.11.2013 TSV Havelse - FC St. Pauli II 2:1
18. Spieltag 30.11.2013 FC St. Pauli II - VfL Wolfsburg II 0:1 gelbe Karte
19. Spieltag 08.12.2013 SV Wilhelmshaven - FC St. Pauli II 0:3
21. Spieltag 15.02.2014 Hamburger SV II - FC St. Pauli II 0:2
22. Spieltag 22.02.2014 FC St. Pauli II - VfR Neumünster 2:2
20. Spieltag 26.02.2014 FC St. Pauli II - Hannover 96 II 1:0
23. Spieltag 01.03.2014 FC St. Pauli II - Goslarer SC 2:1
26. Spieltag 24.03.2014 SV Meppen - FC St. Pauli II 0:4
27. Spieltag 29.03.2014 FC St. Pauli II - SV Eichede 2:0
28. Spieltag 03.04.2014 Eintracht Braunschweig II - FC St. Pauli II 2:2 gelbe Karte
30. Spieltag 26.04.2014 ETSV Weiche Flensburg - FC St. Pauli II 1:1
31. Spieltag 02.05.2014 FC St. Pauli II - Victoria Hamburg 5:0 Tor
32. Spieltag 10.05.2014 Werder Bremen II - FC St. Pauli II 3:0
33. Spieltag 16.05.2014 FC St. Pauli II - TSV Havelse 2:4 gelbe Karte
34. Spieltag 24.05.2014 BV Cloppenburg - FC St. Pauli II 1:2