| 20. Spieltag | 04.02.2024 | Fortuna Köln | - | SC Paderborn 07 II | 0:0 |  |
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| 21. Spieltag | 10.02.2024 | SC Paderborn 07 II | - | Rot Weiss Ahlen | 2:2 |  |
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| 22. Spieltag | 17.02.2024 | 1. FC Bocholt | - | SC Paderborn 07 II | 0:1 | ||||
| 24. Spieltag | 03.03.2024 | Wuppertaler SV | - | SC Paderborn 07 II | 3:2 | ||||
| 25. Spieltag | 09.03.2024 | SC Paderborn 07 II | - | Bor. Mönchengladbach II | 2:4 | ||||
| 26. Spieltag | 15.03.2024 | FC Schalke 04 II | - | SC Paderborn 07 II | 3:0 | ||||
| 27. Spieltag | 31.03.2024 | SC Paderborn 07 II | - | SV Rödinghausen | 0:0 | ||||
| 28. Spieltag | 05.04.2024 | 1. FC Köln II | - | SC Paderborn 07 II | 1:0 | ||||
| 31. Spieltag | 27.04.2024 | SC Wiedenbrück | - | SC Paderborn 07 II | 1:1 | |
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| 32. Spieltag | 05.05.2024 | SC Paderborn 07 II | - | SSVg Velbert | 1:1 | ||||
| 33. Spieltag | 10.05.2024 | SV Lippstadt 08 | - | SC Paderborn 07 II | 0:0 |
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