| 6. Spieltag | 10.09.2016 | 1. FSV Mainz 05 II | - | 1. FC Magdeburg | 1:0 | ||||
| 8. Spieltag | 21.09.2016 | 1. FSV Mainz 05 II | - | SV Wehen Wiesbaden | 1:2 | ||||
| 9. Spieltag | 24.09.2016 | Holstein Kiel | - | 1. FSV Mainz 05 II | 3:0 | ||||
| 10. Spieltag | 02.10.2016 | 1. FSV Mainz 05 II | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:1 | ||||
| 12. Spieltag | 23.10.2016 | 1. FSV Mainz 05 II | - | Jahn Regensburg | 2:0 |  |
|||
| 13. Spieltag | 29.10.2016 | Hansa Rostock | - | 1. FSV Mainz 05 II | 1:1 | ||||
| 14. Spieltag | 05.11.2016 | 1. FSV Mainz 05 II | - | SG Sonnenhof Großaspach | 0:2 | ||||
| 16. Spieltag | 27.11.2016 | 1. FSV Mainz 05 II | - | FSV Frankfurt | 1:0 | ||||
| 24. Spieltag | 25.02.2017 | 1. FSV Mainz 05 II | - | Preußen Münster | 3:1 | ||||
| 34. Spieltag | 22.04.2017 | 1. FSV Mainz 05 II | - | Hallescher FC | 3:2 | ||||
| 36. Spieltag | 06.05.2017 | 1. FSV Mainz 05 II | - | VfR Aalen | 2:0 | ||||
| 38. Spieltag | 20.05.2017 | 1. FSV Mainz 05 II | - | Fortuna Köln | 4:0 | |
Deutschland