| 2. Spieltag | 02.08.2011 | FC Carl Zeiss Jena | - | Wacker Burghausen | 1:0 | ||||
| 3. Spieltag | 05.08.2011 | 1. FC Saarbrücken | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:1 | ||||
| 4. Spieltag | 13.08.2011 | FC Carl Zeiss Jena | - | Preußen Münster | 1:3 |  |
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| 5. Spieltag | 16.08.2011 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:0 | ||||
| 6. Spieltag | 20.08.2011 | FC Carl Zeiss Jena | - | Kickers Offenbach | 1:2 | ||||
| 7. Spieltag | 27.08.2011 | SpVgg Unterhaching | - | FC Carl Zeiss Jena | 6:0 |  |
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| 8. Spieltag | 11.09.2011 | FC Carl Zeiss Jena | - | Chemnitzer FC | 1:2 | ||||
| 9. Spieltag | 14.09.2011 | Rot-Weiß Oberhausen | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:2 | ||||
| 10. Spieltag | 17.09.2011 | FC Carl Zeiss Jena | - | SV Sandhausen | 1:1 |  |
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| 15. Spieltag | 29.10.2011 | FC Carl Zeiss Jena | - | VfR Aalen | 2:3 | ||||
| 18. Spieltag | 26.11.2011 | SV Wehen Wiesbaden | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:0 | ||||
| 19. Spieltag | 03.12.2011 | FC Carl Zeiss Jena | - | Jahn Regensburg | 0:1 | ||||
| 21. Spieltag | 17.12.2011 | FC Carl Zeiss Jena | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:0 |
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