09.03.2013 14:00 FC Unterföhring - 1. FC Sonthofen 2:1 (0:1)
14:00 SV Schalding-Heining - FC Affing 3:1 (2:0)
15:00 SpVgg Hankofen-Hailing - TSV Schwabmünchen 1:0 (0:0)
15:00 TSV Gersthofen - SpVgg GW Deggendorf 2:2 (0:0)
10.03.2013 15:00 SpVgg Unterhaching II - TSV Kottern-St. Mang 1:0 (1:0)
15:00 Jahn Regensburg II - SpVgg Landshut 5:2 (2:1)
16:00 Wacker Burghausen II - SB DJK Rosenheim 1:2 (1:1)
24.04.2013 19:00 SC Fürstenfeldbruck - BCF Wolfratshausen 1:1 (0:0)
01.05.2013 17:00 TSV Aindling - VfB Eichstätt 0:1 (0:0)
# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 SV Schalding-Heining, Deutschland SV Schalding-Heining 25 14 6 5 40:20 20 48
2 SpVgg Landshut, Deutschland SpVgg Landshut 25 14 4 7 49:38 11 46
3 Wacker Burghausen II, Deutschland Wacker Burghausen II 25 14 3 8 47:26 21 45
4 Jahn Regensburg II, Deutschland Jahn Regensburg II 26 13 5 8 47:34 13 44
5 SpVgg Unterhaching II, Deutschland SpVgg Unterhaching II 26 13 5 8 45:42 3 44
6 SB DJK Rosenheim, Deutschland SB DJK Rosenheim 26 12 6 8 43:29 14 42
7 FC Affing, Deutschland FC Affing 26 12 3 11 48:44 4 39
8 FC Unterföhring, Deutschland FC Unterföhring 25 10 8 7 37:34 3 38
9 BC Aichach, Deutschland BC Aichach 25 11 4 10 42:29 13 37
10 VfB Eichstätt, Deutschland VfB Eichstätt 25 11 4 10 30:25 5 37
11 TSV Schwabmünchen, Deutschland TSV Schwabmünchen 26 10 7 9 29:28 1 37
12 SpVgg Hankofen-Hailing, Deutschland SpVgg Hankofen-Hailing 26 11 4 11 38:43 -5 37
13 BCF Wolfratshausen, Deutschland BCF Wolfratshausen 25 9 7 9 35:33 2 34
14 1. FC Sonthofen, Deutschland 1. FC Sonthofen 26 9 7 10 34:38 -4 34
15 TSV Aindling, Deutschland TSV Aindling 26 7 4 15 28:52 -24 25
16 TSV Kottern-St. Mang, Deutschland TSV Kottern-St. Mang 25 6 6 13 30:42 -12 24
17 SpVgg GW Deggendorf, Deutschland SpVgg GW Deggendorf 26 5 8 13 26:41 -15 23
18 SC Fürstenfeldbruck, Deutschland SC Fürstenfeldbruck 26 5 7 14 25:41 -16 22
19 TSV Gersthofen, Deutschland TSV Gersthofen 26 5 6 15 29:63 -34 21
  Aufstieg
  Playoffs
  Relegation
  Abstieg

# Weil Wacker Burghausen für seine zweite Mannschaft keine Regionalliga-Lizenz beantragt hat, rückt Aich in die Aufstiegsplayoffs auf.