1. Spieltag 14.08.2016 FCE Rheine - SpVgg Erkenschwick 0:4
2. Spieltag 21.08.2016 FC Gütersloh 2000 - FCE Rheine 0:2
3. Spieltag 28.08.2016 FCE Rheine - Arminia Bielefeld II 2:3
4. Spieltag 04.09.2016 SV Lippstadt 08 - FCE Rheine 2:1
5. Spieltag 11.09.2016 FCE Rheine - Westfalia Rhynern 2:0
6. Spieltag 18.09.2016 SuS Neuenkir­chen - FCE Rheine 1:4
7. Spieltag 25.09.2016 FCE Rheine - TuS Ennepetal 2:0 Wert.
8. Spieltag 02.10.2016 FCE Rheine - FC Brünninghausen 3:1
9. Spieltag 09.10.2016 FCE Rheine - 1. FC Kaan-Marienborn 0:0
10. Spieltag 16.10.2016 SC Paderborn 07 II - FCE Rheine 0:0
11. Spieltag 23.10.2016 FCE Rheine - SuS Stadtlohn 3:1 gelbe Karte
12. Spieltag 30.10.2016 TuS Erndtebrück - FCE Rheine 4:0
15. Spieltag 27.11.2016 ASC 09 Dortmund - FCE Rheine 7:1
16. Spieltag 04.12.2016 FCE Rheine - TSV Marl-Hüls 0:3
17. Spieltag 11.12.2016 SC Hassel - FCE Rheine 0:1 gelbe Karte
18. Spieltag 18.12.2016 SpVgg Erkenschwick - FCE Rheine 3:1
21. Spieltag 05.03.2017 FCE Rheine - SV Lippstadt 08 1:2
22. Spieltag 12.03.2017 Westfalia Rhynern - FCE Rheine 2:1
24. Spieltag 26.03.2017 TuS Ennepetal - FCE Rheine 2:3
25. Spieltag 02.04.2017 FC Brünninghausen - FCE Rheine 4:3 gelbe Karte
26. Spieltag 09.04.2017 1. FC Kaan-Marienborn - FCE Rheine 0:0
27. Spieltag 13.04.2017 FCE Rheine - SC Paderborn 07 II 2:1
28. Spieltag 17.04.2017 SuS Stadtlohn - FCE Rheine 0:3
29. Spieltag 23.04.2017 FCE Rheine - TuS Erndtebrück 1:1
30. Spieltag 30.04.2017 Roland Beckum - FCE Rheine 0:1
31. Spieltag 07.05.2017 FCE Rheine - Hammer SpVg 3:1
32. Spieltag 14.05.2017 FCE Rheine - ASC 09 Dortmund 5:3
34. Spieltag 26.05.2017 FCE Rheine - SC Hassel 3:0