1. Spieltag 13.08.2006 FC Gütersloh 2000 - FC Schalke 04 II 2:0
2. Spieltag 20.08.2006 FC Schalke 04 II - SV Lippstadt 08 3:0
3. Spieltag 27.08.2006 Hammer SpVg - FC Schalke 04 II 4:1 Tor
4. Spieltag 03.09.2006 FC Schalke 04 II - SF Oestrich-Iserlohn 1:1
5. Spieltag 10.09.2006 SpVgg Erkenschwick - FC Schalke 04 II 0:3 Tor
6. Spieltag 17.09.2006 FC Schalke 04 II - Arminia Bielefeld II 1:0
7. Spieltag 24.09.2006 SV Emsdetten 05 - FC Schalke 04 II 1:1
8. Spieltag 01.10.2006 FC Schalke 04 II - VfL Bochum II 4:2
9. Spieltag 15.10.2006 SC Verl - FC Schalke 04 II 2:1
10. Spieltag 22.10.2006 FC Schalke 04 II - Delbrücker SC 0:1
11. Spieltag 29.10.2006 Rot Weiss Ahlen II - FC Schalke 04 II 0:2 Tor
12. Spieltag 05.11.2006 FC Schalke 04 II - Westfalia Herne 0:3
14. Spieltag 19.11.2006 FC Schalke 04 II - Preußen Münster 1:1
16. Spieltag 10.12.2006 Sportfreunde Lotte - FC Schalke 04 II 1:2
18. Spieltag 04.02.2007 FC Schalke 04 II - FC Gütersloh 2000 1:1
20. Spieltag 18.02.2007 FC Schalke 04 II - Hammer SpVg 2:0
21. Spieltag 25.02.2007 SF Oestrich-Iserlohn - FC Schalke 04 II 1:3
22. Spieltag 04.03.2007 FC Schalke 04 II - SpVgg Erkenschwick 2:1
25. Spieltag 25.03.2007 VfL Bochum II - FC Schalke 04 II 0:3
19. Spieltag 28.03.2007 SV Lippstadt 08 - FC Schalke 04 II 0:2
26. Spieltag 01.04.2007 FC Schalke 04 II - SC Verl 0:4
29. Spieltag 29.04.2007 Westfalia Herne - FC Schalke 04 II 4:3
30. Spieltag 06.05.2007 FC Schalke 04 II - VfB Hüls 4:0
31. Spieltag 13.05.2007 Preußen Münster - FC Schalke 04 II 1:0
34. Spieltag 03.06.2007 SG Wattenscheid 09 - FC Schalke 04 II 3:2