1. Spieltag 17.08.2008 FC St. Pauli [A-Junioren] - Eintracht Braunschweig [A-Junioren] 0:4
2. Spieltag 23.08.2008 Werder Bremen [A-Junioren] - FC St. Pauli [A-Junioren] 1:0
3. Spieltag 30.08.2008 FC St. Pauli [A-Junioren] - 1. FC Union Berlin [A-Junioren] 2:2
4. Spieltag 14.09.2008 Chemnitzer FC [A-Junioren] - FC St. Pauli [A-Junioren] 1:2
5. Spieltag 28.09.2008 FC St. Pauli [A-Junioren] - Hansa Rostock [A-Junioren] 0:3
6. Spieltag 04.10.2008 Hannover 96 [A-Junioren] - FC St. Pauli [A-Junioren] 6:1
8. Spieltag 01.11.2008 Energie Cottbus [A-Junioren] - FC St. Pauli [A-Junioren] 1:0
12. Spieltag 07.12.2008 FC St. Pauli [A-Junioren] - VfL Wolfsburg [A-Junioren] 1:4
16. Spieltag 01.03.2009 1. FC Union Berlin [A-Junioren] - FC St. Pauli [A-Junioren] 0:0
17. Spieltag 08.03.2009 FC St. Pauli [A-Junioren] - Chemnitzer FC [A-Junioren] 3:0
18. Spieltag 14.03.2009 Hansa Rostock [A-Junioren] - FC St. Pauli [A-Junioren] 4:0
19. Spieltag 21.03.2009 FC St. Pauli [A-Junioren] - Hannover 96 [A-Junioren] 2:1 Tor
13. Spieltag 29.03.2009 Rot-Weiß Erfurt [A-Junioren] - FC St. Pauli [A-Junioren] 2:1
20. Spieltag 05.04.2009 Hertha BSC [A-Junioren] - FC St. Pauli [A-Junioren] 2:1
22. Spieltag 25.04.2009 Hamburger SV [A-Junioren] - FC St. Pauli [A-Junioren] 1:1
23. Spieltag 17.05.2009 FC St. Pauli [A-Junioren] - VfL Osnabrück [A-Junioren] 1:5
14. Spieltag 21.05.2009 Eintracht Braunschweig [A-Junioren] - FC St. Pauli [A-Junioren] 0:0
24. Spieltag 24.05.2009 FC Carl Zeiss Jena [A-Junioren] - FC St. Pauli [A-Junioren] 3:2
25. Spieltag 07.06.2009 VfL Wolfsburg [A-Junioren] - FC St. Pauli [A-Junioren] 2:3
26. Spieltag 14.06.2009 FC St. Pauli [A-Junioren] - Rot-Weiß Erfurt [A-Junioren] 5:0