1. Spieltag 31.07.2016 FC St. Pauli II - Germania Egestorf/Langreder 3:1 Tor
4. Spieltag 10.08.2016 SV Drochtersen/Assel - FC St. Pauli II 0:1
3. Spieltag 14.08.2016 FC St. Pauli II - VfB Lübeck 0:1
2. Spieltag 21.08.2016 TSV Havelse - FC St. Pauli II 2:1
5. Spieltag 27.08.2016 FC St. Pauli II - VfL Wolfsburg II 2:2
6. Spieltag 04.09.2016 SV Meppen - FC St. Pauli II 3:1
7. Spieltag 11.09.2016 FC St. Pauli II - Lüneburger SK Hansa 0:3
8. Spieltag 18.09.2016 Eintracht Norderstedt - FC St. Pauli II 1:1
9. Spieltag 25.09.2016 FC St. Pauli II - VfB Oldenburg 2:1
10. Spieltag 01.10.2016 Hamburger SV II - FC St. Pauli II 2:2
11. Spieltag 08.10.2016 FC St. Pauli II - SV Eichede 1:0
12. Spieltag 14.10.2016 Hannover 96 II - FC St. Pauli II 1:2 gelbe Karte
13. Spieltag 23.10.2016 FC St. Pauli II - U.S.I. Lupo-Martini 0:0 gelbe Karte
14. Spieltag 31.10.2016 Eintracht Braunschweig II - FC St. Pauli II 2:2
15. Spieltag 05.11.2016 FC St. Pauli II - ETSV Weiche Flensburg 0:0
16. Spieltag 12.11.2016 Schwarz-Weiß Rehden - FC St. Pauli II 1:3 gelbe Karte
18. Spieltag 26.11.2016 Germania Egestorf/Langreder - FC St. Pauli II 3:3 gelbe Karte
19. Spieltag 03.12.2016 FC St. Pauli II - TSV Havelse 0:2
20. Spieltag 05.02.2017 VfB Lübeck - FC St. Pauli II 1:1
22. Spieltag 18.02.2017 VfL Wolfsburg II - FC St. Pauli II 2:0
17. Spieltag 01.03.2017 FC St. Pauli II - VfV Hildesheim 1:1
24. Spieltag 05.03.2017 Lüneburger SK Hansa - FC St. Pauli II 1:1
25. Spieltag 11.03.2017 FC St. Pauli II - Eintracht Norderstedt 1:3
23. Spieltag 15.03.2017 FC St. Pauli II - SV Meppen 4:0