# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 FC Einheit Rudolstadt, Deutschland FC Einheit Rudolstadt 4 3 1 0 6:1 5 10
2 FC Carl Zeiss Jena II, Deutschland FC Carl Zeiss Jena II 4 3 0 1 13:5 8 9
3 VfL Halle 96, Deutschland VfL Halle 96 4 2 1 1 10:5 5 7
4 Bischofswerdaer FV, Deutschland Bischofswerdaer FV 3 2 1 0 7:3 4 7
5 1. FC Lok Leipzig, Deutschland 1. FC Lok Leipzig 3 2 1 0 7:4 3 7
6 Energie Cottbus II, Deutschland Energie Cottbus II 4 2 0 2 7:8 -1 6
7 Inter Leipzig, Deutschland Inter Leipzig 4 2 0 2 6:7 -1 6
8 Union Sandersdorf, Deutschland Union Sandersdorf 3 1 1 1 3:4 -1 4
9 SSV Markranstädt, Deutschland SSV Markranstädt 4 1 1 2 7:11 -4 4
10 SV SCHOTT Jena, Deutschland SV SCHOTT Jena 3 1 0 2 3:5 -2 3
11 Rot-Weiß Erfurt II, Deutschland Rot-Weiß Erfurt II 3 0 2 1 3:4 -1 2
12 Askania Bernburg, Deutschland Askania Bernburg 3 0 2 1 6:8 -2 2
13 BSG Wismut Gera, Deutschland BSG Wismut Gera 4 0 2 2 5:10 -5 2
14 FSV Barleben, Deutschland FSV Barleben 3 0 1 2 1:6 -5 1
15 VFC Plauen, Deutschland VFC Plauen 3 0 1 2 2:8 -6 1
16 FC Eisenach, Deutschland FC Eisenach 4 0 1 3 5:13 -8 1
  Aufstieg
  Abstieg

# Rot-Weiß Erfurt II und Energie Cottbus II wurden zum Saisonende zurückgezogen. Dadurch verringerte sich die Zahl der sportlichen Absteiger.

# Der FC Eisenach beantragte für die Saison 2016/2017 keine Oberligalizenz