| 5. Spieltag | 05.08.2016 | FC Augsburg II | - | TSV Buchbach | 2:0 | ||||
| 8. Spieltag | 26.08.2016 | SpVgg Bayreuth | - | FC Augsburg II | 0:0 | ||||
| 9. Spieltag | 19.10.2016 | FC Augsburg II | - | TSV 1860 München II | 1:0 | ||||
| 16. Spieltag | 22.10.2016 | FC Augsburg II | - | SV Schalding-Heining | 3:0 | ||||
| 17. Spieltag | 29.10.2016 | 1. FC Schweinfurt 05 | - | FC Augsburg II | 1:1 | ||||
| 19. Spieltag | 12.11.2016 | FC Augsburg II | - | FV Illertissen | 2:0 | ||||
| 24. Spieltag | 18.03.2017 | TSV 1860 München II | - | FC Augsburg II | 1:0 |  |
|||
| 27. Spieltag | 08.04.2017 | VfR Garching | - | FC Augsburg II | 0:0 | ||||
| 28. Spieltag | 13.04.2017 | FC Augsburg II | - | FC Memmingen | 3:1 | ||||
| 29. Spieltag | 17.04.2017 | SpVgg Greuther Fürth II | - | FC Augsburg II | 1:1 | ||||
| 33. Spieltag | 13.05.2017 | SV Schalding-Heining | - | FC Augsburg II | 4:4 |
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