| 1. Runde | 14.09.2000 | Molde FK | - | Rayo Vallecano | 0:1 | ||||
| 1. Runde | 28.09.2000 | Rayo Vallecano | - | Molde FK | 1:1 | ||||
| 2. Runde | 26.10.2000 | Rayo Vallecano | - | Viborg FF | 1:0 |  |
|||
| 3. Runde | 23.11.2000 | Lokomotiv Moskva | - | Rayo Vallecano | 0:0 | ||||
| 3. Runde | 07.12.2000 | Rayo Vallecano | - | Lokomotiv Moskva | 2:0 | ||||
| Achtelfinale | 15.02.2001 | Rayo Vallecano | - | Girondins Bordeaux | 4:1 | ||||
| Achtelfinale | 22.02.2001 | Girondins Bordeaux | - | Rayo Vallecano | 1:2 | ||||
| Viertelfinale | 08.03.2001 | CD Alavés | - | Rayo Vallecano | 3:0 | ||||
| Viertelfinale | 15.03.2001 | Rayo Vallecano | - | CD Alavés | 2:1 |
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