| 1. Spieltag | 01.08.2003 | SG Wattenscheid 09 | - | FC St. Pauli | 1:1 | ||||
| 2. Spieltag | 09.08.2003 | FC St. Pauli | - | Preußen Münster | 1:1 | ||||
| 3. Spieltag | 17.08.2003 | FC St. Pauli | - | Dynamo Dresden | 2:2 | ||||
| 5. Spieltag | 26.08.2003 | FC St. Pauli | - | Hamburger SV II | 3:0 |  |
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| 8. Spieltag | 20.09.2003 | Chemnitzer FC | - | FC St. Pauli | 1:2 | ||||
| 11. Spieltag | 10.10.2003 | FC St. Pauli | - | Borussia Dortmund II | 1:1 | ||||
| 17. Spieltag | 22.11.2003 | FC St. Pauli | - | Eintracht Braunschweig | 1:0 |
Deutschland