| 1. Spieltag | 05.08.2018 | 1. FC Magdeburg | - | FC St. Pauli | 1:2 | ||||
| 4. Spieltag | 02.09.2018 | FC St. Pauli | - | 1. FC Köln | 3:5 | ||||
| 14. Spieltag | 25.11.2018 | Jahn Regensburg | - | FC St. Pauli | 1:1 | ||||
| 15. Spieltag | 01.12.2018 | FC St. Pauli | - | Dynamo Dresden | 1:1 | ||||
| 16. Spieltag | 10.12.2018 | VfL Bochum | - | FC St. Pauli | 1:3 |  |
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| 17. Spieltag | 15.12.2018 | FC St. Pauli | - | SpVgg Greuther Fürth | 2:0 | ||||
| 18. Spieltag | 22.12.2018 | FC St. Pauli | - | 1. FC Magdeburg | 4:1 | ||||
| 19. Spieltag | 29.01.2019 | SV Darmstadt 98 | - | FC St. Pauli | 2:1 | ||||
| 21. Spieltag | 08.02.2019 | 1. FC Köln | - | FC St. Pauli | 4:1 | ||||
| 22. Spieltag | 16.02.2019 | FC St. Pauli | - | Erzgebirge Aue | 1:2 | ||||
| 23. Spieltag | 23.02.2019 | FC St. Pauli | - | FC Ingolstadt 04 | 1:0 | ||||
| 26. Spieltag | 16.03.2019 | SV Sandhausen | - | FC St. Pauli | 4:0 |
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