| 21. Spieltag | 09.02.2025 | Fortuna Köln | - | 1. FC Köln II | 3:3 |  |
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| 22. Spieltag | 15.02.2025 | 1. FC Köln II | - | SC Wiedenbrück | 1:0 | ||||
| 23. Spieltag | 23.02.2025 | FC Schalke 04 II | - | 1. FC Köln II | 1:0 | ||||
| 24. Spieltag | 02.03.2025 | 1. FC Köln II | - | SV Rödinghausen | 1:0 | |
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| 25. Spieltag | 08.03.2025 | 1. FC Bocholt | - | 1. FC Köln II | 1:0 | ||||
| 26. Spieltag | 15.03.2025 | 1. FC Köln II | - | 1. FC Düren | 1:2 | ||||
| 27. Spieltag | 29.03.2025 | KFC Uerdingen 05 | - | 1. FC Köln II | annull. | ||||
| 28. Spieltag | 05.04.2025 | Bor. Mönchengladbach II | - | 1. FC Köln II | 0:4 | |
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| 29. Spieltag | 11.04.2025 | 1. FC Köln II | - | Wuppertaler SV | 0:1 |  |
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| 30. Spieltag | 20.04.2025 | MSV Duisburg | - | 1. FC Köln II | 3:1 | ||||
| 31. Spieltag | 25.04.2025 | 1. FC Köln II | - | Sportfreunde Lotte | 1:3 | ||||
| 32. Spieltag | 03.05.2025 | FC Gütersloh | - | 1. FC Köln II | 2:4 | ||||
| 34. Spieltag | 17.05.2025 | Rot-Weiß Oberhausen | - | 1. FC Köln II | 1:1 |
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