| 2. Spieltag | 23.08.2008 | SC Freiburg II | - | SpVgg Greuther Fürth II | 1:3 |  |
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| 3. Spieltag | 30.08.2008 | Waldhof Mannheim | - | SC Freiburg II | 3:2 | ||||
| 6. Spieltag | 27.09.2008 | SC Freiburg II | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 1:3 |  |
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| 7. Spieltag | 04.10.2008 | TSV Großbardorf | - | SC Freiburg II | 2:0 | |
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| 8. Spieltag | 18.10.2008 | SC Freiburg II | - | SV Darmstadt 98 | 0:2 | ||||
| 9. Spieltag | 25.10.2008 | SV Wehen Wiesbaden II | - | SC Freiburg II | 0:3 | |
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| 10. Spieltag | 29.10.2008 | SC Freiburg II | - | SpVgg Unterhaching II | 1:1 | ||||
| 11. Spieltag | 02.11.2008 | Karlsruher SC II | - | SC Freiburg II | 0:0 | |
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| 12. Spieltag | 08.11.2008 | SC Freiburg II | - | 1. FC Nürnberg II | 2:0 | ||||
| 13. Spieltag | 15.11.2008 | SC Pfullendorf | - | SC Freiburg II | 5:0 | |
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| 15. Spieltag | 29.11.2008 | 1. FC Eintracht Bamberg | - | SC Freiburg II | 2:0 | ||||
| 16. Spieltag | 06.12.2008 | SC Freiburg II | - | TSV 1860 München II | 1:3 | ||||
| 17. Spieltag | 13.12.2008 | Hessen Kassel | - | SC Freiburg II | 2:1 | |
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Deutschland