| 1. Spieltag | 17.08.2008 | Rot-Weiss Essen [A-Junioren] | - | 1. FC Köln [A-Junioren] | 2:2 |  |
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| 4. Spieltag | 14.09.2008 | 1. FC Köln [A-Junioren] | - | FC Schalke 04 [A-Junioren] | 1:2 | ||||
| 5. Spieltag | 28.09.2008 | 1. FC Köln [A-Junioren] | - | SV Bergisch Gladbach 09 [A-Junioren] | 4:0 | |
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| 6. Spieltag | 05.10.2008 | Borussia Dortmund [A-Junioren] | - | 1. FC Köln [A-Junioren] | 6:4 | |
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| 7. Spieltag | 26.10.2008 | 1. FC Köln [A-Junioren] | - | Alemannia Aachen [A-Junioren] | 2:1 | ||||
| 8. Spieltag | 02.11.2008 | VfL Bochum [A-Junioren] | - | 1. FC Köln [A-Junioren] | 2:2 | ||||
| 9. Spieltag | 09.11.2008 | 1. FC Köln [A-Junioren] | - | Arminia Bielefeld [A-Junioren] | 3:2 | ||||
| 10. Spieltag | 16.11.2008 | Wuppertaler SV [A-Junioren] | - | 1. FC Köln [A-Junioren] | 0:3 | |
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| 11. Spieltag | 02.12.2008 | 1. FC Köln [A-Junioren] | - | Bayer Leverkusen [A-Junioren] | 1:2 | ||||
| 12. Spieltag | 07.12.2008 | MSV Duisburg [A-Junioren] | - | 1. FC Köln [A-Junioren] | 0:2 | ||||
| 13. Spieltag | 11.12.2008 | 1. FC Köln [A-Junioren] | - | Bor. Mönchengladbach [A-Junioren] | 1:1 |  |
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