| 1. Spieltag | 16.08.2008 | Viktoria Aschaffenburg | - | SC Freiburg II | 1:1 | ||||
| 2. Spieltag | 23.08.2008 | SC Freiburg II | - | SpVgg Greuther Fürth II | 1:3 |  |
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| 3. Spieltag | 30.08.2008 | Waldhof Mannheim | - | SC Freiburg II | 3:2 | ||||
| 4. Spieltag | 13.09.2008 | SC Freiburg II | - | Eintracht Frankfurt II | 0:3 | ||||
| 5. Spieltag | 20.09.2008 | SSV Reutlingen | - | SC Freiburg II | 4:0 | ||||
| 6. Spieltag | 27.09.2008 | SC Freiburg II | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 1:3 | ||||
| 7. Spieltag | 04.10.2008 | TSV Großbardorf | - | SC Freiburg II | 2:0 | ||||
| 10. Spieltag | 29.10.2008 | SC Freiburg II | - | SpVgg Unterhaching II | 1:1 | |
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| 11. Spieltag | 02.11.2008 | Karlsruher SC II | - | SC Freiburg II | 0:0 | ||||
| 12. Spieltag | 08.11.2008 | SC Freiburg II | - | 1. FC Nürnberg II | 2:0 | ||||
| 13. Spieltag | 15.11.2008 | SC Pfullendorf | - | SC Freiburg II | 5:0 | ||||
| 14. Spieltag | 22.11.2008 | SC Freiburg II | - | SSV Ulm 1846 | 1:1 | ||||
| 18. Spieltag | 20.12.2008 | SC Freiburg II | - | Viktoria Aschaffenburg | 1:3 |
Deutschland