| 1. Spieltag | 31.07.2016 | 1. FC Magdeburg | - | Fortuna Köln | 0:3 | ||||
| 2. Spieltag | 05.08.2016 | Fortuna Köln | - | Werder Bremen II | 2:0 | ||||
| 3. Spieltag | 09.08.2016 | SV Wehen Wiesbaden | - | Fortuna Köln | 3:0 | ||||
| 4. Spieltag | 13.08.2016 | Fortuna Köln | - | Holstein Kiel | 1:0 | ||||
| 7. Spieltag | 17.09.2016 | Jahn Regensburg | - | Fortuna Köln | 2:2 | ||||
| 11. Spieltag | 16.10.2016 | FSV Frankfurt | - | Fortuna Köln | 6:0 | ||||
| 12. Spieltag | 22.10.2016 | Fortuna Köln | - | VfR Aalen | 0:2 | ||||
| 13. Spieltag | 29.10.2016 | Sportfreunde Lotte | - | Fortuna Köln | 0:1 | ||||
| 14. Spieltag | 05.11.2016 | Fortuna Köln | - | Preußen Münster | 0:1 | ||||
| 16. Spieltag | 26.11.2016 | SC Paderborn 07 | - | Fortuna Köln | 1:1 | ||||
| 25. Spieltag | 03.03.2017 | Chemnitzer FC | - | Fortuna Köln | 3:1 | ||||
| 30. Spieltag | 01.04.2017 | Fortuna Köln | - | FSV Frankfurt | 0:0 |  |
|||
| 31. Spieltag | 04.04.2017 | VfR Aalen | - | Fortuna Köln | 3:0 | ||||
| 36. Spieltag | 06.05.2017 | VfL Osnabrück | - | Fortuna Köln | 1:2 | ||||
| 37. Spieltag | 13.05.2017 | Fortuna Köln | - | MSV Duisburg | 0:3 | |
Deutschland