1. Spieltag 13.08.1988 BSG Energie Cottbus - FC Carl Zeiss Jena 2:1
2. Spieltag 20.08.1988 FC Carl Zeiss Jena - FC Karl-Marx-Stadt 2:1 TorTor gelbe Karte
3. Spieltag 27.08.1988 FC Carl Zeiss Jena - Hansa Rostock 2:0
4. Spieltag 02.09.1988 HFC Chemie - FC Carl Zeiss Jena 2:0 gelbe Karte
5. Spieltag 17.09.1988 FC Carl Zeiss Jena - BSG Wismut Aue 2:0
6. Spieltag 24.09.1988 1. FC Union Berlin - FC Carl Zeiss Jena 1:1 Tor
7. Spieltag 30.09.1988 FC Carl Zeiss Jena - Rot-Weiß Erfurt 3:0
8. Spieltag 12.10.1988 1. FC Magdeburg - FC Carl Zeiss Jena 0:2
9. Spieltag 22.10.1988 FC Carl Zeiss Jena - Dynamo Dresden 3:4 TorTor
10. Spieltag 05.11.1988 BSG Stahl Brandenburg - FC Carl Zeiss Jena 1:0 gelbe Karte
12. Spieltag 19.11.1988 BFC Dynamo - FC Carl Zeiss Jena 1:1
13. Spieltag 03.12.1988 FC Carl Zeiss Jena - 1. FC Lokomotive Leipzig 0:1
14. Spieltag 25.02.1989 FC Carl Zeiss Jena - BSG Energie Cottbus 2:0
15. Spieltag 04.03.1989 FC Karl-Marx-Stadt - FC Carl Zeiss Jena 1:1 Tor
16. Spieltag 17.03.1989 Hansa Rostock - FC Carl Zeiss Jena 2:0
17. Spieltag 24.03.1989 FC Carl Zeiss Jena - HFC Chemie 0:0 gelbe Karte
18. Spieltag 05.04.1989 BSG Wismut Aue - FC Carl Zeiss Jena 2:0
19. Spieltag 15.04.1989 FC Carl Zeiss Jena - 1. FC Union Berlin 5:1 Tor
20. Spieltag 18.04.1989 Rot-Weiß Erfurt - FC Carl Zeiss Jena 1:0 gelbe Karte
21. Spieltag 29.04.1989 FC Carl Zeiss Jena - 1. FC Magdeburg 3:0 Tor
22. Spieltag 06.05.1989 Dynamo Dresden - FC Carl Zeiss Jena 1:1 gelbe Karte
25. Spieltag 27.05.1989 FC Carl Zeiss Jena - BFC Dynamo 0:1
26. Spieltag 03.06.1989 1. FC Lokomotive Leipzig - FC Carl Zeiss Jena 2:1