1. Spieltag 01.08.1999 Sportfreunde Siegen - Borussia Dortmund II 1:0
2. Spieltag 08.08.1999 Borussia Dortmund II - 1. FC Kaiserslautern II 3:0
4. Spieltag 15.08.1999 Borussia Dortmund II - LR Ahlen 1:3 Tor
5. Spieltag 22.08.1999 Eintracht Trier - Borussia Dortmund II 4:2
6. Spieltag 29.08.1999 Borussia Dortmund II - SC Paderborn 07 3:0 Tor
7. Spieltag 05.09.1999 SV 07 Elversberg - Borussia Dortmund II 0:1
8. Spieltag 12.09.1999 Borussia Dortmund II - FK Pirmasens 0:0 gelbe Karte
9. Spieltag 18.09.1999 Borussia Dortmund II - VfL Bochum II 1:5 Tor
11. Spieltag 03.10.1999 Borussia Dortmund II - KFC Uerdingen 05 3:0
10. Spieltag 06.10.1999 Fortuna Düsseldorf - Borussia Dortmund II 2:2
12. Spieltag 10.10.1999 FSV Salmrohr - Borussia Dortmund II 1:2
13. Spieltag 16.10.1999 Borussia Dortmund II - SC Verl 1:1 Tor
15. Spieltag 31.10.1999 Borussia Dortmund II - Bayer Leverkusen II 0:0
16. Spieltag 07.11.1999 SC 07 Idar-Oberstein - Borussia Dortmund II 1:1 Tor gelbe Karte
17. Spieltag 14.11.1999 Borussia Dortmund II - Rot-Weiss Essen 1:1
18. Spieltag 28.11.1999 1. FC Saarbrücken - Borussia Dortmund II 5:0
23. Spieltag 13.02.2000 LR Ahlen - Borussia Dortmund II 1:0
24. Spieltag 20.02.2000 Borussia Dortmund II - Eintracht Trier 3:0
25. Spieltag 26.02.2000 SC Paderborn 07 - Borussia Dortmund II 0:2
27. Spieltag 11.03.2000 FK Pirmasens - Borussia Dortmund II 0:3
29. Spieltag 25.03.2000 Borussia Dortmund II - Fortuna Düsseldorf 2:0 Tor
21. Spieltag 30.03.2000 1. FC Kaiserslautern II - Borussia Dortmund II 2:0
30. Spieltag 02.04.2000 KFC Uerdingen 05 - Borussia Dortmund II 1:1
31. Spieltag 08.04.2000 Borussia Dortmund II - FSV Salmrohr 2:0
32. Spieltag 16.04.2000 SC Verl - Borussia Dortmund II 0:0 gelbe Karte
33. Spieltag 24.04.2000 Borussia Dortmund II - Preußen Münster 1:0
34. Spieltag 30.04.2000 Bayer Leverkusen II - Borussia Dortmund II 0:0
35. Spieltag 07.05.2000 Borussia Dortmund II - SC 07 Idar-Oberstein 1:2
36. Spieltag 13.05.2000 Rot-Weiss Essen - Borussia Dortmund II 2:0 rote Karte