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| 14.03.2009 | 15:00 | Würzburger FV | - | SpVgg Weiden | 0:4 | |
| 15:00 | TSV 1896 Rain | - | SV Seligenporten | 1:1 | ||
| 15:00 | FC Ismaning | - | SpVgg Bayern Hof | 2:0 | ||
| 15:00 | 1. FC Schweinfurt 05 | - | TSG Thannhausen | 1:2 | ||
| 15:00 | 1. FC Bad Kötzting | - | FSV Erlangen-Bruck | 0:4 | ||
| 17:00 | TSV Buchbach | - | SpVgg Ansbach | 2:2 | ||
| 24.03.2009 | 18:30 | VfL Frohnlach | - | Würzburger Kickers | 4:2 | |
| 01.04.2009 | 19:30 | FC Memmingen | - | TSV Aindling | 0:0 | |
| 14.04.2009 | 18:15 | SpVgg Bayreuth | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:1 |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
SpVgg Weiden | 23 | 15 | 6 | 2 | 44:20 | 24 | 51 |
| 2 |
|
TSV Aindling | 23 | 12 | 8 | 3 | 49:19 | 30 | 44 |
| 3 |
|
SpVgg Bayreuth | 23 | 12 | 7 | 4 | 38:23 | 15 | 43 |
| 4 |
|
FSV Erlangen-Bruck | 23 | 10 | 6 | 7 | 39:30 | 9 | 36 |
| 5 |
|
FC Memmingen | 23 | 10 | 6 | 7 | 29:25 | 4 | 36 |
| 6 |
|
FC Ingolstadt 04 II | 23 | 9 | 7 | 7 | 32:29 | 3 | 34 |
| 7 |
|
SpVgg Ansbach | 23 | 9 | 7 | 7 | 31:30 | 1 | 34 |
| 8 |
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FC Ismaning | 23 | 10 | 3 | 10 | 47:38 | 9 | 33 |
| 9 |
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1. FC Bad Kötzting | 23 | 9 | 5 | 9 | 35:40 | -5 | 32 |
| 10 |
|
VfL Frohnlach | 23 | 9 | 4 | 10 | 43:40 | 3 | 31 |
| 11 |
|
TSG Thannhausen | 23 | 9 | 4 | 10 | 38:38 | 0 | 31 |
| 12 |
|
SpVgg Bayern Hof | 23 | 8 | 6 | 9 | 30:25 | 5 | 30 |
| 13 |
|
TSV Buchbach | 23 | 7 | 8 | 8 | 31:32 | -1 | 29 |
| 14 |
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SV Seligenporten | 23 | 5 | 11 | 7 | 27:36 | -9 | 26 |
| 15 |
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Würzburger Kickers | 23 | 7 | 2 | 14 | 38:58 | -20 | 23 |
| 16 |
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TSV 1896 Rain | 23 | 5 | 5 | 13 | 30:51 | -21 | 20 |
| 17 |
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Würzburger FV | 23 | 3 | 9 | 11 | 28:45 | -17 | 18 |
| 18 |
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1. FC Schweinfurt 05 | 23 | 4 | 4 | 15 | 22:52 | -30 | 16 |
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# Erstmals seit der Saison 1977/78 beendeten drei Teams in der Abstiegszone die Saison punktgleich. Daher mussten zwischen dem TSV Rain am Lech, dem Würzburger FV und dem FV Seligenporten drei Entscheidungsspiele um Klassenerhalt, Relegation bzw. Abstieg ausgetragen werden. Aufsteiger Rain siegte 2:0 gegen Würzburg und 5:1 gegen Seligenporten und hielt so die Klasse. Im dritten Spiel gewann Seligenporten 4:0 gegen Würzburg, womit nach den Kickers auch der zweite Würzburger Verein absteigen musste. Seligenporten sicherte schließlich in den Relegationsspielen die Zugehörigkeit zur Bayernliga. |
