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| 29.08.2008 | 18:00 | SpVgg Bayern Hof | - | VfL Frohnlach | 1:2 | |
| 18:00 | SV Seligenporten | - | FC Ismaning | 2:1 | ||
| 30.08.2008 | 15:00 | 1. FC Bad Kötzting | - | TSV 1896 Rain | 3:2 | |
| 15:00 | TSG Thannhausen | - | Würzburger FV | 3:0 | ||
| 15:00 | SpVgg Ansbach | - | FC Ingolstadt 04 II | 0:0 | ||
| 15:00 | Würzburger Kickers | - | FC Memmingen | 0:3 | ||
| 18:00 | SpVgg Weiden | - | TSV Buchbach | 5:3 | ||
| 31.08.2008 | 15:00 | TSV Aindling | - | SpVgg Bayreuth | 1:1 | |
| 17:00 | FSV Erlangen-Bruck | - | 1. FC Schweinfurt 05 | 1:1 |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
SpVgg Weiden | 8 | 5 | 2 | 1 | 18:9 | 9 | 17 |
| 2 |
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FC Memmingen | 8 | 5 | 2 | 1 | 13:6 | 7 | 17 |
| 3 |
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FC Ismaning | 8 | 4 | 2 | 2 | 24:8 | 16 | 14 |
| 4 |
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TSV Buchbach | 8 | 4 | 2 | 2 | 16:11 | 5 | 14 |
| 5 |
|
FSV Erlangen-Bruck | 8 | 3 | 4 | 1 | 14:10 | 4 | 13 |
| 6 |
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TSG Thannhausen | 8 | 4 | 1 | 3 | 19:17 | 2 | 13 |
| 7 |
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1. FC Bad Kötzting | 8 | 4 | 1 | 3 | 13:14 | -1 | 13 |
| 8 |
|
VfL Frohnlach | 8 | 4 | 0 | 4 | 19:15 | 4 | 12 |
| 9 |
|
TSV Aindling | 8 | 3 | 3 | 2 | 13:11 | 2 | 12 |
| 10 |
|
SpVgg Ansbach | 8 | 3 | 3 | 2 | 10:8 | 2 | 12 |
| 11 |
|
SV Seligenporten | 8 | 3 | 3 | 2 | 10:13 | -3 | 12 |
| 12 |
|
SpVgg Bayern Hof | 8 | 3 | 2 | 3 | 9:8 | 1 | 11 |
| 13 |
|
SpVgg Bayreuth | 8 | 3 | 2 | 3 | 11:11 | 0 | 11 |
| 14 |
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1. FC Schweinfurt 05 | 8 | 2 | 2 | 4 | 9:20 | -11 | 8 |
| 15 |
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FC Ingolstadt 04 II | 8 | 1 | 3 | 4 | 7:15 | -8 | 6 |
| 16 |
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Würzburger Kickers | 8 | 2 | 0 | 6 | 12:24 | -12 | 6 |
| 17 |
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TSV 1896 Rain | 8 | 1 | 2 | 5 | 10:17 | -7 | 5 |
| 18 |
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Würzburger FV | 8 | 0 | 2 | 6 | 7:17 | -10 | 2 |
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# Erstmals seit der Saison 1977/78 beendeten drei Teams in der Abstiegszone die Saison punktgleich. Daher mussten zwischen dem TSV Rain am Lech, dem Würzburger FV und dem FV Seligenporten drei Entscheidungsspiele um Klassenerhalt, Relegation bzw. Abstieg ausgetragen werden. Aufsteiger Rain siegte 2:0 gegen Würzburg und 5:1 gegen Seligenporten und hielt so die Klasse. Im dritten Spiel gewann Seligenporten 4:0 gegen Würzburg, womit nach den Kickers auch der zweite Würzburger Verein absteigen musste. Seligenporten sicherte schließlich in den Relegationsspielen die Zugehörigkeit zur Bayernliga. |
