| 1. Spieltag | 14.08.2006 | FC Augsburg | - | 1. FC Köln | 0:2 | ||||
| 2. Spieltag | 20.08.2006 | 1. FC Köln | - | Wacker Burghausen | 5:1 | ||||
| 3. Spieltag | 25.08.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | 1. FC Köln | 3:2 |  |
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| 4. Spieltag | 15.09.2006 | 1. FC Köln | - | Eintracht Braunschweig | 4:1 | |
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| 10. Spieltag | 03.11.2006 | TuS Koblenz | - | 1. FC Köln | 3:1 | ||||
| 12. Spieltag | 12.11.2006 | SC Freiburg | - | 1. FC Köln | 0:0 | |
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| 13. Spieltag | 19.11.2006 | 1. FC Köln | - | TSV 1860 München | 1:2 | ||||
| 14. Spieltag | 26.11.2006 | SpVgg Greuther Fürth | - | 1. FC Köln | 1:2 | |
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| 16. Spieltag | 10.12.2006 | Kickers Offenbach | - | 1. FC Köln | 2:0 | ||||
| 17. Spieltag | 15.12.2006 | 1. FC Köln | - | 1. FC Kaiserslautern | 2:2 | |
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| 32. Spieltag | 07.05.2007 | MSV Duisburg | - | 1. FC Köln | 1:3 | ||||
| 33. Spieltag | 13.05.2007 | 1. FC Köln | - | Kickers Offenbach | 2:2 | |
Deutschland