1. Spieltag 31.07.2016 Preußen Münster - VfL Osnabrück 0:1
2. Spieltag 05.08.2016 Hansa Rostock - Preußen Münster 1:0
3. Spieltag 10.08.2016 Preußen Münster - MSV Duisburg 1:1
4. Spieltag 13.08.2016 SG Sonnenhof Großaspach - Preußen Münster 2:0
5. Spieltag 27.08.2016 Preußen Münster - 1. FSV Mainz 05 II 1:0
6. Spieltag 09.09.2016 Hallescher FC - Preußen Münster 2:1
7. Spieltag 17.09.2016 Preußen Münster - 1. FC Magdeburg 2:3 gelbe Karte
8. Spieltag 21.09.2016 FSV Frankfurt - Preußen Münster 4:1
21. Spieltag 05.02.2017 Preußen Münster - Hansa Rostock 3:1 gelbe Karte
22. Spieltag 12.02.2017 MSV Duisburg - Preußen Münster 3:2
23. Spieltag 18.02.2017 Preußen Münster - SG Sonnenhof Großaspach 3:0
24. Spieltag 25.02.2017 1. FSV Mainz 05 II - Preußen Münster 3:1
25. Spieltag 04.03.2017 Preußen Münster - Hallescher FC 1:1
26. Spieltag 10.03.2017 1. FC Magdeburg - Preußen Münster 1:0
27. Spieltag 14.03.2017 Preußen Münster - FSV Frankfurt 2:1 gelbe Karte
28. Spieltag 17.03.2017 Werder Bremen II - Preußen Münster 0:1
29. Spieltag 25.03.2017 Preußen Münster - VfR Aalen 2:1
30. Spieltag 02.04.2017 SV Wehen Wiesbaden - Preußen Münster 1:0
31. Spieltag 05.04.2017 Preußen Münster - Sportfreunde Lotte 1:0
32. Spieltag 09.04.2017 Holstein Kiel - Preußen Münster 0:0
33. Spieltag 15.04.2017 Preußen Münster - Fortuna Köln 4:2
34. Spieltag 23.04.2017 Rot-Weiß Erfurt - Preußen Münster 0:0
35. Spieltag 30.04.2017 Preußen Münster - FSV Zwickau 5:1
36. Spieltag 07.05.2017 Chemnitzer FC - Preußen Münster 0:3
37. Spieltag 13.05.2017 SC Paderborn 07 - Preußen Münster 1:0 gelbe Karte
38. Spieltag 20.05.2017 Preußen Münster - Jahn Regensburg 0:1