| 12. Spieltag | 24.09.2016 | SpVgg Greuther Fürth II | - | Bayern München II | 1:1 | ||||
| 13. Spieltag | 02.10.2016 | SpVgg Bayern Hof | - | Bayern München II | 1:0 | ||||
| 14. Spieltag | 07.10.2016 | Bayern München II | - | FC Augsburg II | 0:0 |  |
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| 15. Spieltag | 15.10.2016 | SV Schalding-Heining | - | Bayern München II | 2:2 | ||||
| 16. Spieltag | 21.10.2016 | Bayern München II | - | 1. FC Schweinfurt 05 | 2:1 | ||||
| 17. Spieltag | 30.10.2016 | 1. FC Nürnberg II | - | Bayern München II | 3:3 | |
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| 18. Spieltag | 05.11.2016 | FV Illertissen | - | Bayern München II | 0:1 | ||||
| 19. Spieltag | 11.11.2016 | Bayern München II | - | SV Seligenporten | 2:0 | ||||
| 20. Spieltag | 18.11.2016 | Bayern München II | - | TSV Buchbach | 4:0 | ||||
| 22. Spieltag | 03.03.2017 | Bayern München II | - | FC Ingolstadt 04 II | 0:1 | ||||
| 23. Spieltag | 09.03.2017 | Bayern München II | - | SpVgg Bayreuth | 1:1 | |
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| 25. Spieltag | 12.03.2017 | Bayern München II | - | TSV 1860 München II | 0:2 | |
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| 27. Spieltag | 07.04.2017 | FC Memmingen | - | Bayern München II | 1:1 |
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