| 6. Spieltag | 12.08.2016 | SpVgg Bayreuth | - | SpVgg Greuther Fürth II | 0:2 | ||||
| 8. Spieltag | 26.08.2016 | SpVgg Bayreuth | - | FC Augsburg II | 0:0 | ||||
| 9. Spieltag | 03.09.2016 | SV Schalding-Heining | - | SpVgg Bayreuth | 2:3 | ||||
| 10. Spieltag | 10.09.2016 | SpVgg Bayreuth | - | 1. FC Schweinfurt 05 | 0:2 | ||||
| 11. Spieltag | 16.09.2016 | 1. FC Nürnberg II | - | SpVgg Bayreuth | 0:5 | ||||
| 12. Spieltag | 24.09.2016 | SpVgg Bayreuth | - | FV Illertissen | 4:0 | ||||
| 17. Spieltag | 29.10.2016 | FC Ingolstadt 04 II | - | SpVgg Bayreuth | 1:0 | ||||
| 18. Spieltag | 05.11.2016 | SpVgg Bayreuth | - | SpVgg Bayern Hof | 2:0 | ||||
| 19. Spieltag | 12.11.2016 | TSV 1860 München II | - | SpVgg Bayreuth | 1:1 |  |
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| 20. Spieltag | 19.11.2016 | VfR Garching | - | SpVgg Bayreuth | 1:2 | ||||
| 21. Spieltag | 25.11.2016 | SpVgg Bayreuth | - | FC Memmingen | 0:2 | ||||
| 25. Spieltag | 25.03.2017 | FC Augsburg II | - | SpVgg Bayreuth | 0:2 | |
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| 26. Spieltag | 03.04.2017 | 1. FC Schweinfurt 05 | - | SpVgg Bayreuth | 2:0 | |
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