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| 19.09.2008 | 18:30 | TSV Aindling | - | SpVgg Weiden | 2:2 | |
| 19:30 | FC Memmingen | - | TSG Thannhausen | 3:2 | ||
| 20.09.2008 | 15:00 | VfL Frohnlach | - | FSV Erlangen-Bruck | 2:1 | |
| 15:00 | FC Ismaning | - | TSV 1896 Rain | 0:1 | ||
| 15:00 | SpVgg Ansbach | - | Würzburger Kickers | 3:3 | ||
| 15:00 | FC Ingolstadt 04 II | - | SpVgg Bayern Hof | 1:3 | ||
| 15:00 | Würzburger FV | - | 1. FC Bad Kötzting | 1:3 | ||
| 15:00 | SpVgg Bayreuth | - | 1. FC Schweinfurt 05 | 3:0 | ||
| 17:00 | TSV Buchbach | - | SV Seligenporten | 3:0 |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
FC Memmingen | 11 | 7 | 2 | 2 | 17:10 | 7 | 23 |
| 2 |
|
SpVgg Weiden | 11 | 6 | 3 | 2 | 21:12 | 9 | 21 |
| 3 |
|
SpVgg Bayreuth | 11 | 6 | 2 | 3 | 21:14 | 7 | 20 |
| 4 |
|
TSV Buchbach | 11 | 5 | 4 | 2 | 19:11 | 8 | 19 |
| 5 |
|
TSV Aindling | 11 | 5 | 4 | 2 | 21:14 | 7 | 19 |
| 6 |
|
1. FC Bad Kötzting | 11 | 6 | 1 | 4 | 22:20 | 2 | 19 |
| 7 |
|
SpVgg Bayern Hof | 11 | 5 | 3 | 3 | 14:9 | 5 | 18 |
| 8 |
|
FC Ismaning | 11 | 5 | 2 | 4 | 28:14 | 14 | 17 |
| 9 |
|
FSV Erlangen-Bruck | 11 | 4 | 5 | 2 | 20:15 | 5 | 17 |
| 10 |
|
TSG Thannhausen | 11 | 5 | 2 | 4 | 23:21 | 2 | 17 |
| 11 |
|
SV Seligenporten | 11 | 4 | 4 | 3 | 16:17 | -1 | 16 |
| 12 |
|
VfL Frohnlach | 11 | 5 | 0 | 6 | 22:23 | -1 | 15 |
| 13 |
|
SpVgg Ansbach | 11 | 3 | 4 | 4 | 13:17 | -4 | 13 |
| 14 |
|
TSV 1896 Rain | 11 | 3 | 2 | 6 | 16:23 | -7 | 11 |
| 15 |
|
FC Ingolstadt 04 II | 11 | 2 | 3 | 6 | 10:19 | -9 | 9 |
| 16 |
|
1. FC Schweinfurt 05 | 11 | 2 | 2 | 7 | 12:29 | -17 | 8 |
| 17 |
|
Würzburger Kickers | 11 | 2 | 1 | 8 | 16:31 | -15 | 7 |
| 18 |
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Würzburger FV | 11 | 0 | 4 | 7 | 11:23 | -12 | 4 |
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# Erstmals seit der Saison 1977/78 beendeten drei Teams in der Abstiegszone die Saison punktgleich. Daher mussten zwischen dem TSV Rain am Lech, dem Würzburger FV und dem FV Seligenporten drei Entscheidungsspiele um Klassenerhalt, Relegation bzw. Abstieg ausgetragen werden. Aufsteiger Rain siegte 2:0 gegen Würzburg und 5:1 gegen Seligenporten und hielt so die Klasse. Im dritten Spiel gewann Seligenporten 4:0 gegen Würzburg, womit nach den Kickers auch der zweite Würzburger Verein absteigen musste. Seligenporten sicherte schließlich in den Relegationsspielen die Zugehörigkeit zur Bayernliga. |
