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| 27.09.2008 | 15:00 | 1. FC Schweinfurt 05 | - | FC Ismaning | 3:4 | |
| 15:00 | SpVgg Weiden | - | SpVgg Ansbach | 1:0 | ||
| 15:00 | TSV 1896 Rain | - | Würzburger FV | 1:1 | ||
| 15:00 | Würzburger Kickers | - | SpVgg Bayreuth | 2:3 | ||
| 15:00 | SV Seligenporten | - | FC Memmingen | 0:0 | ||
| 15:00 | TSG Thannhausen | - | FC Ingolstadt 04 II | 0:1 | ||
| 15:00 | 1. FC Bad Kötzting | - | VfL Frohnlach | 3:2 | ||
| 15:00 | SpVgg Bayern Hof | - | TSV Aindling | 0:0 | ||
| 28.09.2008 | 16:00 | FSV Erlangen-Bruck | - | TSV Buchbach | 3:2 |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
SpVgg Weiden | 12 | 7 | 3 | 2 | 22:12 | 10 | 24 |
| 2 |
|
FC Memmingen | 12 | 7 | 3 | 2 | 17:10 | 7 | 24 |
| 3 |
|
SpVgg Bayreuth | 12 | 7 | 2 | 3 | 24:16 | 8 | 23 |
| 4 |
|
1. FC Bad Kötzting | 12 | 7 | 1 | 4 | 25:22 | 3 | 22 |
| 5 |
|
FC Ismaning | 12 | 6 | 2 | 4 | 32:17 | 15 | 20 |
| 6 |
|
TSV Aindling | 12 | 5 | 5 | 2 | 21:14 | 7 | 20 |
| 7 |
|
FSV Erlangen-Bruck | 12 | 5 | 5 | 2 | 23:17 | 6 | 20 |
| 8 |
|
TSV Buchbach | 12 | 5 | 4 | 3 | 21:14 | 7 | 19 |
| 9 |
|
SpVgg Bayern Hof | 12 | 5 | 4 | 3 | 14:9 | 5 | 19 |
| 10 |
|
TSG Thannhausen | 12 | 5 | 2 | 5 | 23:22 | 1 | 17 |
| 11 |
|
SV Seligenporten | 12 | 4 | 5 | 3 | 16:17 | -1 | 17 |
| 12 |
|
VfL Frohnlach | 12 | 5 | 0 | 7 | 24:26 | -2 | 15 |
| 13 |
|
SpVgg Ansbach | 12 | 3 | 4 | 5 | 13:18 | -5 | 13 |
| 14 |
|
TSV 1896 Rain | 12 | 3 | 3 | 6 | 17:24 | -7 | 12 |
| 15 |
|
FC Ingolstadt 04 II | 12 | 3 | 3 | 6 | 11:19 | -8 | 12 |
| 16 |
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1. FC Schweinfurt 05 | 12 | 2 | 2 | 8 | 15:33 | -18 | 8 |
| 17 |
|
Würzburger Kickers | 12 | 2 | 1 | 9 | 18:34 | -16 | 7 |
| 18 |
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Würzburger FV | 12 | 0 | 5 | 7 | 12:24 | -12 | 5 |
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# Erstmals seit der Saison 1977/78 beendeten drei Teams in der Abstiegszone die Saison punktgleich. Daher mussten zwischen dem TSV Rain am Lech, dem Würzburger FV und dem FV Seligenporten drei Entscheidungsspiele um Klassenerhalt, Relegation bzw. Abstieg ausgetragen werden. Aufsteiger Rain siegte 2:0 gegen Würzburg und 5:1 gegen Seligenporten und hielt so die Klasse. Im dritten Spiel gewann Seligenporten 4:0 gegen Würzburg, womit nach den Kickers auch der zweite Würzburger Verein absteigen musste. Seligenporten sicherte schließlich in den Relegationsspielen die Zugehörigkeit zur Bayernliga. |
