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| 25.10.2008 | 15:00 | 1. FC Schweinfurt 05 | - | FC Memmingen | 2:0 | |
| 15:00 | Würzburger FV | - | VfL Frohnlach | 1:1 | ||
| 15:00 | TSV 1896 Rain | - | FC Ingolstadt 04 II | 2:3 | ||
| 15:00 | FC Ismaning | - | TSV Buchbach | 2:1 | ||
| 15:00 | SV Seligenporten | - | Würzburger Kickers | 0:0 | ||
| 15:00 | TSG Thannhausen | - | SpVgg Weiden | 0:1 | ||
| 15:00 | 1. FC Bad Kötzting | - | TSV Aindling | 0:2 | ||
| 15:00 | SpVgg Bayreuth | - | SpVgg Bayern Hof | 1:1 | ||
| 26.10.2008 | 16:00 | FSV Erlangen-Bruck | - | SpVgg Ansbach | 0:1 |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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SpVgg Weiden | 16 | 9 | 5 | 2 | 27:15 | 12 | 32 |
| 2 |
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FC Memmingen | 16 | 9 | 3 | 4 | 25:16 | 9 | 30 |
| 3 |
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SpVgg Bayreuth | 16 | 8 | 4 | 4 | 29:20 | 9 | 28 |
| 4 |
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TSV Aindling | 16 | 7 | 6 | 3 | 27:17 | 10 | 27 |
| 5 |
|
FC Ismaning | 16 | 8 | 2 | 6 | 39:25 | 14 | 26 |
| 6 |
|
TSV Buchbach | 16 | 7 | 5 | 4 | 28:17 | 11 | 26 |
| 7 |
|
SpVgg Bayern Hof | 16 | 6 | 6 | 4 | 22:13 | 9 | 24 |
| 8 |
|
1. FC Bad Kötzting | 16 | 7 | 3 | 6 | 28:29 | -1 | 24 |
| 9 |
|
VfL Frohnlach | 16 | 7 | 2 | 7 | 33:30 | 3 | 23 |
| 10 |
|
FSV Erlangen-Bruck | 16 | 6 | 5 | 5 | 25:23 | 2 | 23 |
| 11 |
|
SpVgg Ansbach | 16 | 6 | 5 | 5 | 21:21 | 0 | 23 |
| 12 |
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SV Seligenporten | 16 | 4 | 9 | 3 | 19:20 | -1 | 21 |
| 13 |
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TSG Thannhausen | 16 | 6 | 2 | 8 | 27:30 | -3 | 20 |
| 14 |
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FC Ingolstadt 04 II | 16 | 5 | 5 | 6 | 17:22 | -5 | 20 |
| 15 |
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1. FC Schweinfurt 05 | 16 | 3 | 4 | 9 | 19:38 | -19 | 13 |
| 16 |
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TSV 1896 Rain | 16 | 3 | 3 | 10 | 20:36 | -16 | 12 |
| 17 |
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Würzburger Kickers | 16 | 3 | 2 | 11 | 22:43 | -21 | 11 |
| 18 |
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Würzburger FV | 16 | 1 | 7 | 8 | 17:30 | -13 | 10 |
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# Erstmals seit der Saison 1977/78 beendeten drei Teams in der Abstiegszone die Saison punktgleich. Daher mussten zwischen dem TSV Rain am Lech, dem Würzburger FV und dem FV Seligenporten drei Entscheidungsspiele um Klassenerhalt, Relegation bzw. Abstieg ausgetragen werden. Aufsteiger Rain siegte 2:0 gegen Würzburg und 5:1 gegen Seligenporten und hielt so die Klasse. Im dritten Spiel gewann Seligenporten 4:0 gegen Würzburg, womit nach den Kickers auch der zweite Würzburger Verein absteigen musste. Seligenporten sicherte schließlich in den Relegationsspielen die Zugehörigkeit zur Bayernliga. |
