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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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VfR Aalen | 16 | 11 | 4 | 1 | 29:9 | 20 | 37 |
| 2 |
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1. FC Nürnberg II | 16 | 10 | 5 | 1 | 28:8 | 20 | 35 |
| 3 |
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Hessen Kassel | 16 | 9 | 6 | 1 | 33:13 | 20 | 33 |
| 4 |
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TSV 1860 München II | 16 | 9 | 6 | 1 | 31:16 | 15 | 33 |
| 5 |
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Karlsruher SC II | 16 | 10 | 3 | 3 | 28:18 | 10 | 33 |
| 6 |
|
SC Pfullendorf | 16 | 9 | 5 | 2 | 27:13 | 14 | 32 |
| 7 |
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SpVgg Weiden | 16 | 10 | 2 | 4 | 28:25 | 3 | 32 |
| 8 |
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SSV Ulm 1846 | 16 | 9 | 4 | 3 | 27:15 | 12 | 31 |
| 9 |
|
Stuttgarter Kickers | 16 | 7 | 9 | 0 | 24:11 | 13 | 30 |
| 10 |
|
SC Freiburg II | 16 | 8 | 5 | 3 | 30:18 | 12 | 29 |
| 11 |
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Eintracht Frankfurt II | 16 | 7 | 7 | 2 | 30:14 | 16 | 28 |
| 12 |
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SG Sonnenhof Großaspach | 16 | 8 | 4 | 4 | 32:20 | 12 | 28 |
| 13 |
|
SpVgg Greuther Fürth II | 16 | 8 | 3 | 5 | 23:25 | -2 | 27 |
| 14 |
|
SSV Reutlingen | 16 | 7 | 4 | 5 | 26:19 | 7 | 25 |
| 15 |
|
SV Darmstadt 98 | 16 | 7 | 1 | 8 | 23:22 | 1 | 22 |
| 16 |
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SV Wehen Wiesbaden II | 16 | 4 | 5 | 7 | 15:21 | -6 | 17 |
| 17 |
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1. FC Eintracht Bamberg | 16 | 4 | 2 | 10 | 15:36 | -21 | 14 |
| 18 |
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Bayern Alzenau | 16 | 3 | 2 | 11 | 12:31 | -19 | 11 |
| Aufstieg | |
| Abstieg |
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# Der SSV Reutlingen und Eintracht Bamberg meldeten während der Saison 2009/2010 Insolvenz an und stehen somit bereits als Absteiger fest. |
