1. Spieltag 07.08.2013 TSG Neustrelitz - FC Carl Zeiss Jena 1:1
2. Spieltag 11.08.2013 FC Carl Zeiss Jena - VFC Plauen 4:2 gelbe Karte
3. Spieltag 18.08.2013 Wacker Nordhausen - FC Carl Zeiss Jena 2:2 gelbe Karte
4. Spieltag 24.08.2013 FC Carl Zeiss Jena - FC Viktoria 1889 Berlin 1:1 Tor gelbe Karte
5. Spieltag 01.09.2013 1. FC Magdeburg - FC Carl Zeiss Jena 2:0
6. Spieltag 14.09.2013 FC Carl Zeiss Jena - Hertha BSC II 2:0
7. Spieltag 22.09.2013 SV Babelsberg 03 - FC Carl Zeiss Jena 0:1 gelb-rote Karte
9. Spieltag 06.10.2013 VfB Auerbach - FC Carl Zeiss Jena 0:4 Tor
10. Spieltag 13.10.2013 FC Carl Zeiss Jena - FSV Zwickau 1:1
11. Spieltag 26.10.2013 Berliner AK 07 - FC Carl Zeiss Jena 1:2 Tor
12. Spieltag 03.11.2013 FC Carl Zeiss Jena - Germania Halberstadt 2:0 Tor
13. Spieltag 10.11.2013 1. FC Union Berlin II - FC Carl Zeiss Jena 3:3 Tor
14. Spieltag 23.11.2013 ZFC Meuselwitz - FC Carl Zeiss Jena 0:2
15. Spieltag 30.11.2013 FC Carl Zeiss Jena - Optik Rathenow 2:2
16. Spieltag 08.12.2013 FC Carl Zeiss Jena - TSG Neustrelitz 3:1
17. Spieltag 22.02.2014 VFC Plauen - FC Carl Zeiss Jena 1:1
18. Spieltag 02.03.2014 FC Carl Zeiss Jena - Wacker Nordhausen 1:2
19. Spieltag 09.03.2014 FC Viktoria 1889 Berlin - FC Carl Zeiss Jena 1:2
20. Spieltag 16.03.2014 FC Carl Zeiss Jena - 1. FC Magdeburg 1:4 gelbe Karte
21. Spieltag 22.03.2014 Hertha BSC II - FC Carl Zeiss Jena 2:1
22. Spieltag 30.03.2014 FC Carl Zeiss Jena - SV Babelsberg 03 2:0 Tor
23. Spieltag 06.04.2014 1. FC Lok Leipzig - FC Carl Zeiss Jena 0:4
24. Spieltag 12.04.2014 FC Carl Zeiss Jena - VfB Auerbach 0:1
25. Spieltag 20.04.2014 FSV Zwickau - FC Carl Zeiss Jena 2:1 gelbe Karte
29. Spieltag 17.05.2014 FC Carl Zeiss Jena - ZFC Meuselwitz 2:1
30. Spieltag 24.05.2014 Optik Rathenow - FC Carl Zeiss Jena 4:1